1939年9月，德国军队在两周内打败了波兰军队。波兰的犹太人被迫搬到克拉科夫，连姆.尼森扮演的辛德勒是一个德国商人。他善于察言观色，摸清在场军官的喜怒哀乐，投其所好。用不了很长时间辛德勒就和他们搞好了关系，还经常与他们一起合影。辛德勒刚开始只想赚钱，发点战争财。他空手套白狼，找会计师斯坦来帮他记帐，让犹太人企业家出钱帮他建厂，而辛德勒凭借一流的公关技术成功取得了军事供应的认证，就这样建起了搪瓷工厂，生产军需用品。
有了工厂肯定需要工人，斯坦背着辛德勒把那些没有任何技能的犹太人招进了工厂。一开始的救人行动都是斯坦一人在偷偷进行。而辛德勒只想赚钱，当他知道斯坦甚至把独臂的老人都招进了工厂，非常的生气。工厂净招这些没用的工人还怎么赚钱盈利。不过辛德勒并没有阻止。
有一天工人们在去上班途中，被纳粹士兵拦住强迫铲除道路的积雪。独臂老人被认为没有价值，于是被残忍的枪杀了。辛德勒来找军官说理，要求得到赔偿，遭到了拒绝。另一方面党卫军司令阿蒙.葛斯接管了这里。别人用过的女佣他不要，选择了没有经验的海伦。
阿蒙是一个性格多变，让人猜不透的矛盾体。阿蒙随后发表了一个恐怖演讲，大概意思是说今天我们将创造历史。让六个世纪盘踞在克拉科夫的犹太人就像从没来过一样，于是纳粹开始对犹太人进行清除。听到了街上不安的动静。有些犹太人把首饰塞到面包里吞下，而有些病人则喝下了毒药，选择安乐死，以免受到纳粹的折磨。甚至有些人逃到下水道，可惜还是没有逃过一劫。
辛德勒这时从外面骑马回来。他在小山坡看到了屠杀这一幕，一脸的严肃。此时一个红衣小女孩出现了，小女孩眼睛里的世界是没有杀戮的，所有的死亡都是在小女孩身后发生的。从始至终小女孩都没有看到过杀人的场景。鲜艳的红色代表生命，给辛德勒极大的震撼。
到了晚上纳粹的汉奸们拿起听诊器用来监听天花板，搜寻是否还有人在躲藏。有个犹太人不小心踩到了钢琴，一个纳粹三级小队长就把他杀了。然后弹奏起了巴赫的《英国组曲第二号前奏》，而旁边的两个士兵在讨论到底是莫扎特的音乐还是巴赫的音乐。在这艺术和暴力的结合下，他们继续进行着屠杀。他们对绑在床底的人开枪，露出魔鬼般的笑脸。
辛德勒对着空无一人的工厂发愁，他的工人都被阿蒙抓到了劳动营。阿蒙在他的别墅里居高临下玩起了杀人的游戏。他视人命如草芥，端起狙击枪，想杀谁就杀谁。还命令把犹太人的墓碑挖出来铺路。辛德勒来找阿蒙谈判，希望能够恢复工厂的运作。在金钱的回报下，阿蒙同意了。不过他却把斯坦软禁在自己的营地里，这样就能摸清辛德勒的账目。
辛德勒凭借自己的公关技术，把阿蒙以及士兵都搞舒服了。然后趁机和斯坦相见，两人商量如何和军官们送礼打好关系。辛德勒还偷偷带了一些好吃的给斯坦。
一天，阿蒙到劳动营进行视察，有个老人一直在很认真的做事，但是阿蒙却误认为他消极怠工。打算枪毙他，于是连续开了好几枪，就是不出子弹，也许是连老天也看不惯阿蒙的行为吧。善良的斯坦向辛德勒说了这件事。辛德勒用珍贵的打火机让斯坦去贿赂，然后把老人从劳动营救回来安排到自己的工厂。这是辛德勒的第一次救人。不过是在斯坦的指引下。
这一天阿蒙把大家召集起来，因为有个犹太人偷了一只鸡。阿蒙质问他们到底谁偷了那只鸡，所有人都低下头没人敢吭声。于是阿蒙随意开了一枪打死了一个人。就在准备开第二枪的时候，一个小男孩怯懦的站了出来，他指了指刚才死在地上的那个人，说就是他。这个小男孩简直就是个天才，无形当中阻止了阿蒙的继续枪杀。辛德勒听斯坦说了这个小男孩的事迹，再次贿赂了军官，把小男孩安排到了自己工厂。这是辛德勒救的第二个人。仍然是在斯坦的指引下。
渐渐的辛德勒的工厂成为了犹太人的避难所，有个女人来找辛德勒，请求他拯救自己的父母，女人说大家都说这里是个避难所，说你是个好人。辛德勒显得很生气，因为如果传出去，大家都得完蛋。所以他拒绝了女人的要求。到目前为止，都是斯坦在努力的救人。辛德勒知道他的做法后开始抱怨，说这样做可能太危险，可能会危害到自己的生命。辛德勒说战争总是带出人的黑暗面，他认为阿蒙只是喜欢美食、美酒、女人和白花花银子的小恶魔。要是换做平时，人还不错。斯坦知道，辛德勒还不知道阿蒙的残暴行为。一脸严肃的说，阿蒙喜欢杀人。于是就给辛德勒讲了一件事。阿蒙为了惩罚一个逃跑的犹太人，把整个营房的人叫出来站好，他一边走一边用枪枪毙每排的人。一下子就杀了25个人。辛德勒听完后，沉默了一会，他在考虑是不是要帮助那些与自己无关的犹太人。最后辛德勒下定决心，帮助之前向他求助的女子。把她的父母都从劳动营里救到自己的工厂，女子开心的笑了。
这天，辛德勒来地下室看望阿蒙的女佣海伦，海伦向辛德勒诉苦，说曾亲眼看到阿蒙拿枪随意射杀了一个仅仅是路过的无辜的女人，这让自己感到生命危在旦夕。辛德勒安慰海伦，阿蒙不会杀你的。他不让你戴犹太人臂章，是因为他喜欢你。
当晚阿蒙喝醉了，和辛德勒聊起了权利的话题，辛德勒说滥杀无辜不是权利，那叫制裁。所谓的权利就是当我们有绝对的理由去杀生，但我们却不这么做，这是古代帝王的风范。饶恕一个微不足道的人，那才是权利。阿蒙显然受到这番话的影响，他饶恕了一个笨手笨脚的马仔，一个吸烟的女人，以及洗浴缸的男孩。片刻沉思之后，阿蒙又恢复了本性。他觉得辛德勒的仁慈并不是权利。掌握生杀大权才是他的一贯作风，随后就把洗浴缸的男孩击杀了。开了三枪说明阿蒙的内心也在挣扎。在阿蒙短暂的仁慈期间有这么一个细节。一个犹太人父亲隔着冰冷的窗户，和远处的老婆女儿，微笑着吹口哨打招呼。处在这么黑暗的环境，也不能阻挡人们享受片刻的亲情快乐。
阿蒙让女佣海伦给自己修理指甲，看着这个近在咫尺的美丽犹太女人，却不能触碰。因为自己是纳粹高官，不能对一个犹太人表白。只能把爱藏在心中。这一天是辛德勒的生日，喝醉的阿蒙来到地下室找海伦，他赞美海伦是一个训练有素的女佣，很想伸出双手去触碰她的寂寞。阿蒙在自言自语中终于说出了我喜欢你。转眼间，又陷入矛盾中，开始咒骂毒打海伦。
医生不定期会对犹太人检查身体，有病的人会被清理掉，一个叫奥利的小男孩趁乱逃走，每个地方都藏满了人，最后只能跳进粪坑里躲避。体检结束后，健康的犹太人穿上衣服，被赶进火车里。像牲口一样挤在里面，他们伸出手，甚至拿出了钻石链子，哭喊者只为求一口水喝。辛德勒看到这一幕，提出用消防水来洗车，阿蒙觉得好玩，让手下去拿消防水管，水管不够长，辛德勒就把厂里的水管拿来接上，确保每个车厢的人都能喝到水。
1944年4月，阿蒙接到纳粹上级命令，把一万多具已经埋掉的犹太人尸体挖出来进行焚烧。运尸车从辛德勒身旁经过，红衣少女再次出现，只不过已经没有了生命。辛德勒再一次被震撼了，战争是如此的残酷。阿蒙接到命令，把活着的犹太人送到奥斯维辛集中营。辛德勒和斯坦谈论工厂的未来。打算把斯坦调走，让他过上好日子。辛德勒找上阿蒙，打算用钱把自己工厂里的犹太人都买下来，他直接让阿蒙开个价钱，你认为一条命值多少钱？辛德勒一边背名字，一边让斯坦打印，所有的小孩全部写进名单里，这份名单代表着至善。名单上有一个空白，那是留给阿蒙的女佣海伦。阿蒙不同意，说要带海伦去维也纳生活，一起白头偕老。辛德勒说你疯了吗，这绝对不可能的。阿蒙说我只是很想那么做，我会带她到林子里，给她一枪免得受苦。最后在辛德勒高额的价格面前，他终于妥协了。
阿蒙不敢违抗纳粹上级的命令，必须得把犹太人送到集中营，而把海伦交给辛德勒起码可以让心爱的她好好的活在世上。辛德勒名单上的人开始登记，搭乘两列火车，被送往辛德勒故乡的工厂。然而装载妇女和小孩的列车却被误送到奥斯维辛集中营里。这里昏天暗地，一片死亡气息。辛德勒发现情况不对，赶紧乘车来到集中营要人。辛德勒一再坚持，并且拿出了钻石，军官才同意把人送回去。经过辛德勒的努力，妇女和孩子们终于也到了工厂。
斯坦找到辛德勒说，工厂生产的弹壳和子弹全部不合格，这样下去工厂迟早会倒闭，其实这是辛德勒故意这么做的，他不想再为战争生产任何可以使用的炮弹，就这样过了整整七个月。在这期间，辛德勒把自己的钱拿出来让工人维持生计以及打点纳粹军官。
辛德勒终于破产了。此时德国宣布投降，战争也终于结束了。辛德勒对工人们说，我会陪你们一直到今晚午时，战争的结束。到时候你们就可以去寻找自己的亲人。在经历六年的屠杀许多人失去了生命，但是咱们能活下来的，最应该感激的是你们自己以及大无畏的斯坦，还有那些在死亡面前默默照顾彼此的人。辛德勒说自己是纳粹党员，也是军火制造商，今晚过后你们将获得自由，而我将被通缉。为了纪念辛德勒的伟大善举，工人们拔掉金牙，为辛德勒打造了一枚戒指。即将进行逃亡之路的辛德勒，吩咐斯坦，等自己走后，把布匹、酒、香烟都分给大家。所有工人都围在辛德勒身边，工人代表送上一封所有工人签名的信件，说必要时可以帮助他解脱罪行。斯坦把打造的戒指送给辛德勒，戒指上刻着犹太法典中的一句话，当你挽救了一条生命，你就等于挽救了全世界。辛德勒颤抖的握住斯坦的手，说我应该可以救更多人的，这辆车我为何留下？那至少可以换10条人命。这个纯金的别针至少可以挽救两个人。辛德勒在自责，我明明可以那样做，但我却没有。
辛德勒抱着斯坦哭得撕心裂肺，所有工人都上前，围抱着安慰他们的救命恩人。车开走了，工人们目送着离开的辛德勒，久久不愿离去。辛德勒坐在车里，闪着泪光，望向工人。午时已过，所有人都被解放了。阿蒙因犯反人类的罪行被处以绞刑。1958年辛德勒获得耶路撒冷大屠杀纪念馆颁赠的正义勋章，并且受邀在当地的正义路种植了一棵小树。1974年10月9日辛德勒去世，每年都有许多幸存的犹太人带着后代来祭奠他。本片再现了二战期间德国企业家奥斯卡.辛德勒成功挽救了1100多名犹太人的真实历史事件。
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