1503年(明弘治十六年),仁蚌巴家族的权力人物顿月多吉在拉萨附近的萨纳玛地方为噶玛噶举派兴建了规模很大的图丹曲科尔寺,以此来压倒黄教的色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺三大寺庙。格鲁派失去了靠山,在仁蚌巴家族和噶玛噶举派的打压下举步维艰,只能在暗地里对他们进行诅咒也许是诅咒应验,仁蚌巴家族很快遭到了"报应"。靠架空主家得势的仁蚌巴家族又被自己的属臣辛厦巴家族捅了一"刀"。
1563年(明嘉靖四十二年)辛厦巴家族的首领才旦多吉对仁蚌巴家族发动叛乱,并屡屡战胜仁蚌巴家族的军队。到1565年(明嘉靖四十四年),才旦多吉利用仁蚌巴属民的不满,激起属民起义,推翻了仁蚌巴家族在日喀则的统治,并将属地扩大到西藏其他地区。格鲁派的大敌仁蚌巴家族倒台了。可前门走了狼,后门来了虎,辛厦巴家族比仁蚌巴家族更推崇噶玛噶举派。格鲁派的危机不但没有减轻,反而日益加深了。
也许是佛祖确实"眷顾"格鲁派,正当他们对自己的将来深感忧虑时,蒙古土默特的阿勒坦汗开始频送秋波。阿勒坦汗虽然将自己的部落经营得无比强大,连蒙古大汗都对其退避三舍,但因为只是旁支而无法获得成为全蒙古大汗的合法性。在得知黄教的转世说可以帮助自己达成心愿后,立即表现出极大的皈依热情。经过多次联络,1578年(明万历六年)五月十五日,阿勒坦汗与格鲁派领袖索南嘉措在察卜恰勒庙会晤,举行了有蒙古、藏等各族人众多达10万人参加的法会。
在会上,阿勒坦汗与索南嘉措互赠封号,索南嘉措尊阿勒坦汗为"转千金轮咱克喇瓦尔第彻辰汗",这与当年八思巴赠与忽必烈的尊号相同(意即睿智贤明的转轮王)。而阿勒坦汗也赐予索南嘉措"圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛"称号(意即法海无边伟大的上师)。这便是黄教最高教主称谓"达赖喇嘛"的由来,索南嘉措活佛往上追认两世,自称"三世达赖喇嘛"。
随着这次会晤,黄教开始传入蒙古各部,短短10余年,便在蒙古各大势力中生根发芽,成为最主要的教。而黄教也有了蒙古强大的军事实力作为保障。阿勒坦汗便是黄教的第一个"持教法王"。1602年(明万历十年),既是阿勒坦汗之曾孙,又被指认为四世达赖喇嘛的云丹嘉措在数千名盔名甲亮的蒙古骑兵的护送下进入西藏举行坐床典礼的时候,可以想见噶玛噶举派的怨毒与无奈。但土默特部的强盛在阿勒坦汗去世之后很快就成了昔日黄花,持教法王的力量削弱,直接使得黄教再次陷入了危机。1605年(明万历三十三年),辛厦巴家族的军队占据了拉萨北部的彭域,1610年(明万历三十八年)又切断了前藏格鲁派的势力同山南帕竹政权的联系。到1611年,辛厦巴家族已经完全控制了后藏地区。
1616(明万历四十四年)年,年仅28岁的四世达赖喇嘛云丹嘉措圆寂。如此年轻便离世而去,人们都在传言,是辛厦巴家族的首领彭措南杰对他实行了暗杀。1618年(明万历四十六年),彭措南杰正式建立了噶玛政权,设首城于日喀则,尊号为"第悉藏巴",意为"后藏上部之王",汉文史料翻译为"藏巴汗"。原本就对黄教极为嫉恨的藏巴汗在获得了正式统治权之后,立即下令中断达赖喇嘛的转世教主危机,不但西藏的黄教僧侣和信徒们忧心如焚,更让信奉黄教的蒙古各部不能容忍。在禁令颁布的同年,喀尔喀部确科尔兄弟率军入藏,欲图迫使藏巴汗解除禁令,被藏巴汗击败。
1619年(明万历四十七年),在青海驻牧的右冀土默特部首领拉尊和古茹率兵入藏,击败藏巴汗,禁止四世达赖灵童转世的禁令才作废。但拉尊和古茹也无法在西藏站住脚,很快撤回青海。不但如此,1632年(明崇祯五年、后金天聪六年),因为信奉红教而被信奉黄教的外喀尔喀三部汗王排挤出漠北的绰克图洪台吉远征青海,击败土默特诸首领控制了青海全境,自号"却图汗"。再加上统治康区的白利士司顿月多尔济是一位虔诚的苯教教徒,对格鲁派极为仇视。黄教的四周已经没有可以依靠的武装力量了。
1634年(明崇祯七年、后金天聪八年),随着蒙古共主,信奉红教的林丹汗被后金天聪汗皇太极击败,西撤至青海、甘肃边境,为了重整旗鼓,林丹汗与绰克图洪台吉、第二任藏巴汗丹津旺布、白利土司结成了"反黄教联盟"。危机迫在眉睫,黄教已经命悬一线。
土默特部作为持教法王,明显已经不可依靠。黄教的五世达赖喇嘛环顾四周,将目光落在了西藏北面的天山草原,寄希望于在那里游牧的卫拉特蒙古。1635年(明崇祯八年、后金天聪九年),在五世达赖和扎什伦布寺法台罗桑却吉坚赞的授意下,郭隆寺僧人纤尼、纳切化装成其他教派僧人,作为密使携带密信前往卫拉特,将密信亲手交给了四部卫拉特的盟主一一和硕特部汗王固实汗,希望他承担起新一代持教法王的重任,拯救黄教。如命中注定一般,和硕特部要接替土默特部成为黄教的守护者，成为新一代持教法王。
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