2008年3月始，南京鼓楼医院泌尿科外科医生孙西钊就陆续接到南京儿童医院送来的10例泌尿结石样本，这种饮用三鹿奶粉导致结石的婴儿在北京一家医院中已很常见。此时，三鹿前副总经理王玉良获悉此事。从2007年底三鹿就开始接到消费者类似投诉。发现问题的三鹿一-直和消费者,“悄悄’”沟通，在三鹿集团向法庭出示的证据中发现，其共付出118万元患儿检查费用。这与三鹿停产后患儿检查费用无关。不过，当时的形势并没有让三鹿意识到危险的巨大，因为直到2008年5月中旬，这一问题才提交到三鹿经营班子会议上。田文华在供述中称，5月时，病例报告已开始呈现上升趋势。三鹿找到当时的医院了解情况，也不能证明患儿肾结石一-定是三鹿奶粉导致的，结石高发区、喝水少等都能导致结石发生。

进入7月后，“结石宝宝” 病例报告进入高发期。甘肃兰州一家医院，.上半年就收治患肾结石婴儿16例，月龄大多为5~11个月，病儿病情重，部分患儿已经发展成为肾功能不全。江苏、陕西、山东、安徽、湖南、湖北、江西、宁夏、河北、上海等地都已有病例报告。这才引起越来越多的重视。7月中旬的一-天晚上，三鹿一位高管受到- -位部委背景知名技术专家质问，甘肃的事情是不是三鹿添加了什么东西导致的?他的回答是:大企业都不会。随后，各处病例报告越来越多，甘肃1名病例报告死亡。没有指名的相关报道也开始出现在媒体上。

早在2004年的阜阳劣质奶粉事故中，公布的不合格奶粉企业和伪劣奶粉中，三鹿奶粉亦在列，但随后证实为疾控中心工作人员失误所致，把三鹿撤出“黑名单”，多个国家机关联合发文，要求各地允许三鹿奶粉正常销售。

据“三鹿内部邮件”显示：2008年8月1日下午6时，三鹿取得检测结果：送检的16个婴幼儿奶粉样品，15个样品中检出了三聚氰胺的成份。2008年8月2日下午，三鹿分别将有关情况报告给了其注册所在地石家庄市政府和新华区政府。并开始回收市场上的三鹿婴幼儿奶粉。2008年8月4日至9日，三鹿对送达的原料乳200份样品进行了检测，确认“人为向原料乳中掺入三聚氰胺是引入到婴幼儿奶粉中的最主要途径”。

确认因自己集团生产的奶粉导致众多婴儿患有肾结石后，三鹿集团开始进行危机公关工作。三鹿公关公司北京涛澜通略国际广告有限公司被指在2008年8月11日向三鹿集团建议与中国最大的互联网搜索引擎公司百度合作

2008年9月12日三鹿集团声称，此事件是由于不法奶农为获取更多的利润向鲜牛奶中掺入三聚氰胺。2008年9月12日三鹿集团声称，此事件是由于不法奶农为获取更多的利润向鲜牛奶中掺入三聚氰胺。

河北省政府决定对三鹿集团立即停产整顿，并将对有关责任人做出处理。