魔法一直都是神秘传奇的代名词，它不同于斗气的狂暴，也不需要靠打怪升级来提高战斗力，只要有很强的意念，一切皆有可能。简单来说就是使用意念操控有形的事物，利用精神力来改变物质原本的性质，从而达到攻击、治疗、防御或者其他效果。

魔法师一直都是魔幻世界的引领人物，在他们身上总会有许多不可思议的事发生，是一个国家实力的象征。一对兄妹的出现，让魔法科高校对优等生和劣等生有了全新的认识。

公平从来都不是绝对的，国立魔法大学附属第一高校向来都是充满着歧视，每个人从入学开始就被贴上了优等生和劣等生的标签。在弱肉强食的时代，面对优等生的欺凌，劣等生只能闭口不言。

由于成绩优秀，优等生们自然心高气傲，对所谓的二科生从来都不会正眼相待，而面对一科生的嘲讽，劣等生只能忍气吞声。

某一天，优等生和劣等生针锋相对，别看一科生眼高于心，但是真正使用魔法对战时，凌厉的魔法让二科生惊叹不已，不俗的实力也让很多人战战兢兢。

双方僵持的状态下，一直低调的男主角达也用一番犀利的言语平息了这场学生之间的纠纷，达也的佛系和冷静，也让生性骄傲的优等生刮目相看。

哥哥达也和妹妹深雪在魔法科高校开始了他们的冒险旅程，异于寻常的兄妹控，男主的bug魔法，让这部动漫精彩不断。