在幕府时代，武士的忠是主从之忠，而不是君臣之忠。作为一个武士，他效忠的只是他的主君，而并非天皇。到幕末时，在社会动荡、民族危机日益加深的情况下，人们意识到主从之忠的不合理，开始注重大义名分，强调君臣之忠。于是，主从之忠开始转向君臣之忠，尊皇武士道开始形成。

幕末水户学首先倡导尊皇。水户学代表人物藤田幽谷在所着的《正名论》中即强调尊皇，认为“天朝开辟以来，皇统一姓，传之无穷，拥神器握宝图……天皇之尊，宇内无二，应崇奉而事之”。但是他并不主张“万民”直接尊奉天皇，而是让其忠于自己直属的主君，来间接履行尊皇义务。“幕府尊皇室，则诸侯尊幕府，诸侯崇幕府则卿大夫尊诸侯，然后上下相保，万邦协和，甚矣名分之不可不正且严也”。对藤田幽谷及其水户学来说，尊皇要在封建君臣关系的等级序列上来理解，对于臣下，“臣民者，各从邦君之命，亦即从幕府政令之理，仰天朝、报奉天祖之道也”。这就是说，藩士、大名对其直属上级的主君尽忠就是尊皇。幽谷的次子藤田东湖所着的《弘道馆记述义》更是强调尊皇秩序论，坚持认为尊皇是将军的特权，直接效忠主君才是尊皇。若要超越等级秩序直接尊皇，就是“僭乱”，“若慢其君父，欲直尽忠于朝廷和幕府，则犯分逾等之甚，适足以取僭乱之罪而已”。从本质上看，水户学派倡导的“尊皇”是与“敬幕”相结合的，虽然这种尊皇论为开国后的攘夷运动奠定了思想基础，但归根结底是以维护幕藩体制为目的的。在水户尊皇论者看来，只要保持从武士到天皇这个“忠的体系”的秩序，每个等级的人按照名分，只需忠于直接的主君就可以了。这样可把国家的稳定建立在身份制度稳定的基础上，从而保证国家的长治久安。

问题是一旦天皇与将军之间失和，这个忠诚体系的连贯性就会被破坏。因为当时武士团是以非理性的主从盟约为基础的团结，“弓马之道”是维护这种团结的道德基础。即使有天皇的命令，背叛有恩于己的主君也是武士所不齿的忘恩负义的行为。而到了德川时代，这种以私人的恩义关系为基础的非理性的“弓马之道”经过儒学家们的改造，不断吸收儒家的“道”、“义”和“分”等范畴，发展成为以“道的自觉”为核心的士道论。而士道论中的忠诚观念，也由对个人或组织的忠诚产生出了对“道”或公共理性原则的忠诚，用丸山真男的话说是“对原理的忠诚”。正是这种“道的自觉”成为产生“尊皇论”的思想基础。而当幕府和藩“失政”，将军与天皇失和时，武士便认识到背叛将军而忠于天皇是符合君臣之道和大义名分的，从而克服了武士道与儒家“大名分义”的矛盾，由此武家武士道开始发展为尊皇武士道。

尊皇武士道是战前日本武士道学者对幕末以吉田松阴为代表的武士道思想的总称。这种尊皇武士道从思想上和行动上完成了忠诚与叛逆的转换，最终确立了对天皇的忠诚，并将对天皇的忠诚同民族主义结合起来，使忠诚的内涵上升到了民族国家的高度。

吉田松阴是江户末期的思想家、教育家，尊王攘夷志士。他一向视山鹿素行为先师。吉田松阴不仅继承了山鹿素行的武士道理论，而且发展了素行的尊皇思想。在山鹿素行的尊皇思想里，天皇万世一系，武将代代尊皇是日本优越性的体现，但其尊皇论是建立在维护幕藩体制合理性基础上的。吉田松阴的尊皇武士道继承了山鹿素行的这种尊皇论，在他为自己创办的松下村塾所写的教育方针《松下村塾记》中写道：“人之所最重者，君臣之义也，国之所最大者，华夷之辨也。今天下何如时也，君臣之义，不讲六百余年，至近时，并华夷之辨又失之……生神州之地，蒙皇朝之恩，　　内失君臣之义，外遗华夷之辨，学之所以为学，人之所以为人，其安在哉。“在这里，松阴所说的明”君臣之义“是指尊皇，明”华夷之辨“是御外侮，也即把尊皇攘夷作为武士学习和做人的头等目标。而武士应该如何学习和做人？松阴的《士规七则》对武士的做人之道、武士道的纲领及武士道的修养方法都做了简明扼要的规定。《士规七则》在近代以后被誉为”武士道宪法“。其中最能体现松阴尊皇武士道思想的是第二条：”凡生皇国，要知吾所以尊于宇内，盖皇朝万叶一统。邦国士夫，世袭禄位，人君养民，以续祖业，臣民忠君，以继父子，君臣一体，忠孝一致，唯吾国为然。“松阴强调日本之所以是日本，就在于其”君臣一体“和”忠孝一致“的国体，力图通过提倡国体意识的自觉来强化武士的尊皇心。虽然松阴依然承认”邦国之士夫，世袭禄位“这种封建体制，却否定了忠诚体系的连贯性，强调诸藩、武士要同心协力奉事天朝、幕府。松阴打破了后期水户学的尊皇秩序论，不再认为按照等级秩序忠于主君或将军即是”尊皇“，尊皇也不是将军的特权。但是对于尊皇攘夷，他依然寄希望于幕府，强调”不论幕臣、王臣，应尊朝廷、敬幕府，攘夷狄，爱苍生，忘此四者乃逆贼也“七百年武家政治，武士们尽忠的对象是他们的主君，即便是主君与朝廷失和，武士的道德规范也要求他们要效忠主君。至幕末，把武士对主君或将军的这种”复数重合“的忠诚转化为对国民统一象征的天皇的忠诚这一过程，”决不是单纯在空间上把对‘藩’的忠诚扩大到国家范围，也不仅仅是把忠诚的人格对象从主君变为天皇等简单事情“。武士阶级由忠于主君转向忠于天皇是一个”极其错综复杂的，充满矛盾混乱的过程“，是几方面因素相互交织合流而促成的。

其中最重要的一个因素，就是幕末”神国意识“的发展，为武士效忠天皇提供了坚实的理论基础。江户时代的国学从萌芽状态的民族主义出发，主张日本是”天照大神“创造的神国，把天皇和日本与神结合起来，宣扬日本的优越地位和尊皇思想。山鹿素行的民族优越论和尚武论都是以日本是神国为依据的。而后期水户学的尊皇论也以日本是神国为理论支柱，藤田幽谷的《正名论》中强调，”赫赫日本，自皇祖开辟，父天母地，圣子神孙，世继明德，以照临四海，四海之内尊之曰天皇“。”尊皇论“不仅来源于儒家的”大义名分“，也是”神国意识的发展，天皇的神性日益强调“的产物。此外，开港后，随着日本民族危机的日益加深，内外矛盾也日益激化，各藩中下级武士同藩主和上级武士之间的对立日益加深。在对外危机感的触发下，武士的忠诚对象渐渐上升和扩大。

1858年，幕府不顾天皇敕令和众多大名、武士的反对与美国签订了《日美修好通商条约》。吉田松阴认为幕府不待敕许违反敕命，是”国贼“。主张”吾藩应直接奏请天子，决不可阿同……如幕府将此定为叛逆，加不义之兵，虽士死国（藩）灭，于道何不可哉“，即为了尊皇即使牺牲藩也在所不惜。至此，松阴的尊皇思想已经突破尊皇秩序论的藩篱，不再认为依照等级秩序忠于主君即是尊皇，而且他还提倡”草莽崛起“论，号召日本各阶层、特别是下级武士和豪农豪商们直接效忠天皇，讨伐幕府。吉田松阴主张建立以天皇为最高权力者的”君臣一体“、一君万民的天皇制统一国家，为此就必须打破纵向的身份等级的封闭性和横向的各藩割据的封闭性，将全国的下级武士及豪农豪商的忠诚心，直接从空间上扩大到天皇和国家，实行尊皇攘夷，以拯救垂亡的日本国家和民族。正如他所言，“普天率土之民皆以天下为己任，至死以仕天子，不以贵贱尊卑为隔限”。

在幕末日本民族危机加深的形势下，日本武士等级递进的封建忠诚完成了向单一的、直接的对天皇忠诚的转变，封建武士道发展为所谓的尊皇武士道。

吉田松阴的武士道并不满足于简单的理论，还提倡应该重视行动。他创办松下村塾，意在促进武士本来所具有的那种负有强烈荣誉感的自我意识和自我牺牲精神的复活，以此来担当实现“尊皇攘夷”的大任。《士规七则》第七条“死而后已四字，言简而义广，坚忍果决，确乎不可拔者，舍是无术也”这句话，说的是武士如果不勇敢果决地牺牲生命，其他的要求则没有任何意义。这同《叶隐》的“武士道即是死之道”完全是异曲同工，也是把生命看做效忠的手段。这种非理性主义的行动论是吉田松阴尊皇武士道的重要内容。

尊皇武士道的重要意义在于它完成了一种观念的转变，打破了近七百年武士的效忠传统，使其对主君的封建忠诚转换为对天皇国家的忠诚。这可以说是在武士道思想史上完成了封建武士道向近代武士道的转化。说它是思想领域内的一场革命也不为过，这种忠诚一元化的完成，为近代日本天皇制中央集权国家的建立奠定了思想基础。