2001年，王祖贤和齐秦要准备结婚的时候，齐秦前女友带着15岁的儿子上门索要抚养费。齐秦为此去做了DNA亲子鉴定，结果显示这个孩子就是齐秦的亲儿子。
齐秦的这个前女友叫方美芳，是一名酒吧歌手。齐秦最落魄的时候最喜欢在酒吧喝酒，这样认识了在酒吧驻唱的方美芳。方美芳那个时候经济情况也不好，但是齐秦更穷，吃穿住用各个方面都需要方美芳资助。
那段时间齐秦叛逆，任性，自卑，孤独，他把这样的感受写成了一首歌《狼》，没想到这首歌竟然火速红遍大江南北，齐秦的生活一下子改变了，经纪公司要力捧他成为台湾新一代偶像。每天繁忙的工作使他和方美芳的生活渐渐拉开了距离，而方美芳很怕会失去齐秦，和齐秦闹得很凶。在事业上升期的齐秦决定和方美芳分手，可是分手的时候方美芳已经怀了齐秦的孩子。
孩子出生后就是方美芳独自抚养，生活很艰难，有时候甚至交不上房租。齐秦不再联系他们母子而是通过中间人给他们母子时不时送一些钱。齐秦成名后，媒体更关注他和王祖贤的恋情。他和方美芳的这段情史则被遗忘。

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直到2001年，媒体盛传齐秦要和王祖贤结婚。独自抚养齐秦儿子多年的方美芳终于决定站出来和齐秦算一笔账，要求支付1500万抚养费。齐秦看到自己多年未见的儿子时，没有否认他们的关系，因为他们两个长得太像了，简直就是齐秦年轻时的样子。而因为方美芳这次走的是法律流程，所以法官要求亲子鉴定作为证
此据，才有了齐秦与私生子DNA鉴定认亲一事。
这件事最后方美芳获得500多万台币补偿，从此与齐秦再无瓜葛，而王祖贤也与齐秦分手隐居加拿大。
2010年，齐秦与小24岁女友结婚，表示今后要做一个好丈夫好父亲。
关于齐秦和王祖贤的感情，齐秦后来在《康熙来了》中说:“两个人在一起15年了，彼此都付出了很多时间，有很多美好的记忆，值得了。”蔡康永回头问小S:“这是你们女人想要的吗？” 小S:“老娘把精华期都给你了，到最后一场空，谁要啊！”