区块链有一个复杂且设计精密的技术结构。更有人将其称之为天才的杰作。然而，区块链并不完美，也存在缺陷。
开放性以及没有中央控制机构是比特币等区块链最显著的特征，同时也会造成一些不必要的影响，从而限制该系统的应用。
区块链最主要的缺陷包括：缺乏隐私、安全模式、高成本及延展性的限制、缺乏灵活性等技术缺陷，以及缺乏法律认可、缺乏用户接受度这类非技术性缺陷。
技术性缺陷
缺乏隐私
区块链是开放的点对点账本系统，诸如交易账户、金额、时间等交易细节均可被公开查询。
失去了透明性，区块链就无法履行其职责。然而，这种透明性通常被视作实现其应用的一个限制因素，尤其是对隐私要求较高的应用时。
安全模式
区块链采用了非对称加密算法进行用户身份的验证及交易授权。区块链账户实际上可看作公钥，只有持有对应私钥的用户才能获取账户中的资产。
私钥是证明所有权的唯一工具。只要某账户的私钥被泄露，那么这个独立账户的安全性就无法得到保障。
当然了，区块链采用的非对称加密算法是迄今为止最好也是最强大的加密方式。因此，也有人认为过于单一的安全措施是限制区块链应用的主要因素之一。
高成本及延展性的限制
区块链旨在实现两个目标：
允许所有人在共同维护的历史记录中添加新的交易记录；
确保交易数据的历史记录不会被控制或伪造。
平衡这两个目标的方式是：采用不可更改、且只允许添加新数据的数据结构，在新区块添加时要求给出哈希难题的解答。
这种工作量证明算法需要极高的计算成本，其代价就是交易处理速度的下降，因此也就限制了区块链的延展性。
区块链的这一特点被视为其在高处理速度、高延展性以及高吞吐量环境中应用的重大阻碍。
缺乏灵活性
区块链是一个复杂的技术组合，其核心在于共识机制，改变共识是极具挑战性的。
例如比特币系统自开始运作之后，社区提出过很多改善方案，但是对于共识的改变没有任何一次成功过。
由于区块链的共识如此顽固，一旦共识形成就难以改变，导致了其在灵活性方面无法与其他系统相比。
区块链的非技术性缺陷
除技术性缺陷外，缺乏法律认可、缺乏用户接受度这类非技术性缺陷才是妨碍区块链推广应用的最主要的障碍所在。
缺乏法律认可
区块链是一种全新的技术，能够让用户在公开和完全分布式的点对点系统中对所有权进行管理和转移。这种通过分布式共识参与管理所有权的方式颠覆了中心化管理的特质，因此大家对在区块链中生成的交易的合法性亦存有疑问。
目前来说，区块链中交易的合法性都是迫切需要解决的问题，如何在现有法律系统中融合一种新的所有权管理方式，是法律行业需要积极探索的方向。
缺乏用户接受度
由于区块链法律地位的不确定性会造成用户的怀疑，最终打消其使用区块链系统的念头，当用户不了解区块链所用的基础技术时，要想让他们使用并信任区块链是不现实的，这些因素共同导致了区块链的用户接受度低。
当然了，区块链目前仍处于发展的初始阶段，上述技术性缺陷及非技术类缺陷都是区块链在现实世界得到应用的重大阻碍。如何克服特定缺陷，依然是设计者及管理者需要积极探索的方向。
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