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地表水底质（沉积物）的监测主要用于了解水体中易沉降，难降解污染物的累积情况。

1.采样点的确定。底质采样点位通常为水质采样垂线的正下方。当正下方无法采样时，可略作移动，移动的情况应在采样记录表上详细注明。底质采样点应避开河床冲刷、底质沉积不稳定及水草茂盛、表层底质易受搅动之处。湖(库)底质采样点一般应设在主要河流及污染源排放口与湖(库)水混合均匀处。

2.采样量及容器。采样量和使用保存容器首先遵循土壤和沉积物中对应项目的检测方法，如果检测方法没有要求的，底质采样量通常为1～2kg，一次的采样量不够时，可在周围采集几次，并将样品混匀。样品中的砾石、贝壳、动植物残体等杂物应予剔除。在较深水域一般常用掘式采泥器采样。在浅水区或干涸河段用塑料勺或不含待测金属的金属铲等即可采样。样品在尽量沥干水份后，用塑料袋包装或用玻璃瓶盛装；供测定有机物的样品，用金属器具采样，置于棕色磨口玻璃瓶中。瓶口不要沾污，以保证磨口塞能塞紧。

3.底质采样质量保证。底质采样点应尽量与水质采样点一致。水浅时，因船体或采泥器冲击搅动底质，或河床为砂卵石时，应另选采样点重采。采样点不能偏移原设置的断面（点）太远。采样后应对偏移位置作好记录。采样时底质一般应装满抓斗。采样器向上提升时，如发现样品流失过多，必须重采。采样保存、现场平行样的采集按照对应项目的检测方法要求。

4.采样记录及样品交接。样品采集后要及时将样品编号，贴上标签，并将底质的外观性状，如泥质状态、颜色、嗅味、生物现象等情况填入采样记录表。采集的样品和采样记录表运回后一并交实验室，并办理交接手续。