植物病害的种类很多，病因也各不相同，引起的病害症状也多种多样。一种植物可以发生多种病害，同时每种病原微生物又能侵染几十种至几百种植物，引起不同症状的病害。最客观也最实用的是按照病因类型来分，既可以知道发病的原因，又可以知道病害的发生特点和防治对策等。按照病因类型可将植物病害分为侵染性病害（又称传染性病害）和非侵染性病害（又称非传染性病害）。

侵染性病害按照病原生物种类的不同，还可分为：

① 真菌病害，如番茄灰霉病等；

② 细菌病害，如西瓜细菌性果斑病等；

③ 线虫病害，如番茄根结线虫病等；

④ 病毒病害，如番茄黄化曲叶病毒病等；

⑤ 寄生植物病害，如菟丝子等；

非侵染性病害按病因可分为：

① 植物自身遗传因子或先天性缺陷引起的遗传性病害或生理病害；

② 物理因素恶化所致病害［包括大气温度过高或过低引起的灼伤与冻害；风、雨、雷电、冰雹对植物造成的伤害；大气与土壤水分的过多或过少，如旱、涝等对植物造成的伤害；光照不足或过强引起的病害；土壤酸碱度（pH）不适引起的病害；农事操作不当所致病害，如密度过大、播种过早或过迟、杂草过多等造成的苗瘦发黄或矮化以及不实等各种病态］；

③ 化学因素恶化所致病害（包括肥料元素供应过多或不足，如缺素症或营养失调症；大气与土壤中有毒物质的污染与毒害；农药及化学制品使用不当造成的药害）。

植物病害还有多种分类方法，按照植物或作物类型分为果树病害、蔬菜病害、大田作物病害、牧草病害和森林病害等；按照寄主受害部位可分为根部病害、叶部病害和果实病害等；按照病害症状表现可分为腐烂型病害、斑点或坏死型病害、花叶或变色型病害等；按照传播方式和介体来分，可分为种传病害、土传病害、气传病害和介体传播病害。