生物肥俗称生物肥、菌肥、或接种剂，但我们通常称之为菌肥。生物肥料是一种主要依靠微生物的生命活动使农作物获得特定肥效的产品。目前，它是农业生产中日益升温的一种肥料。然而，由于生物肥料是最近才开始流行的一种新型肥料，农民在施用过程中往往存在一些误区:
1.混有化学药剂的微生物肥料主要是活菌制剂，其肥效与活菌的数量和强度以及周围环境密切相关。因此，当微生物肥料与杀菌剂等化学药剂混合时，容易影响细菌肥料中所含微生物的火花，从而导致部分微生物死亡，影响生物肥料的肥效。

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2.微生物肥料因其成本相对较高，果农在施用过程中往往施用量不足，导致效果不理想。另外，土壤中的微生物种类繁多，数量庞大，所以要想让外来有益微生物形成优势菌落，就必须为外来微生物提供有利的生长环境，比如改良酸性土壤，调节土壤的酸碱度，增加有机肥的施用量等等。
3.使用不当。菌肥中含有的微生物群落普遍具有怕高温、怕紫外线等特性。所以如果用在土壤表面或者高温强光下，效果会大打折扣，甚至会失去原有的效果。因此，不同类型的菌肥必须严格按照说明书推荐的方法使用。