1、血球计数板法:
这种方法简便，直观，快捷，但只适宜于单细胞状态的微生物或丝状微生物所产生的孢子进行计数，并且所得结果是包括死细胞在内的总菌数。
2、染色计数法：
为了弥补一些微生物在油镜下不易观察计数，而直接用血球计数板法又无法区分死细胞和活细胞的不足，人们发明了染色计数法。
3、比例计数法：
将已知颗粒（如霉菌孢子或红细胞）浓度的液体与待测细胞浓度的菌液按比例均匀混合，在显微镜视野中数出各自的数目，即可得未知菌液的细胞浓度。
4、液体稀释法：
对未知菌样做连续十倍系列稀释，根据估计数，从适宜的三个连续的10倍稀释液中各取5毫升试样，接种1毫升到3组共15只装培养液的试管中，经培养后记录每个稀释度出现生长的试管数，然后查然数表MPN（most probably number）得出菌样的含菌数，根据样品稀释倍数计算出活菌含量。该法常用于食品中微生物的检测，例如饮用水和牛奶的微生物限量检查。
5、平板菌落计数法：
这是一种常用的活菌计数法。但方法比较麻烦，操作者需有熟练的技术。平板菌落计数法不仅可以得出菌液中活菌的含菌数，而且同时将菌液中的细菌进行了一次分离培养，获得了单克隆。
6、试剂纸法：
在平板计数法的基础上，发展了小型商品化产品以供快速计数用。试剂纸法计数快捷准确，相比而言避免了平板计数法的人为操作误差。
7、膜过滤法：
用特别的滤膜过滤定量体积的含菌样品，经丫叮橙染色，在紫外显微镜下观察细胞的荧光，活细胞会发橙色荧光，而死细胞则发绿色荧光。