我国古代把大规模流行的疫病称为“札”或“㾐”，“札”的本意是把木简编穿成册子，把疫病称为“札”意思是染疫死者的尸体堆着像编穿好的册子。“㾐”和“札”的意思相近，是指疫亡者的尸体排列成行，如旱死的秧苗。“㾐”一般指死丧者众多，造成灭户空村的大疫。
在汉代以前很少有关于疫情的记载。据考证，先秦时期只发生过6次疫情，西汉有10次。到了东汉时期，疫病越来越猖獗，不仅流行的次数迅速增加，间隔的时间也变短。根据史书记载，从公元25年东汉建国至220年东汉灭亡，在这195年间就发生了22次大规模流行的疫病，南方地区特别是荆州和扬州疫情发生最频繁。东汉时期疫病流行的次数之多、波及范围之广以及严重程度都是中国历史上极其罕见的，因此，东汉时期可以说是我国历史上疫病最为猖獗的时代。
史书往往用“大疫”来描述持续时间长、波及范围广、死亡人数众多的严重疫病。建安二十二年（217年），曹植在回忆大疫时说：
“家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀，或阖门而殪，或覆族而丧。或以为疫者，鬼神所作。”
可见，东汉时期的疫情有多严重。
汉光武帝时期，江南会稽郡发生了“大疫”，染疫死亡者达数万人。东汉末年汉桓帝、汉灵帝和汉献帝时期共发生过12次疫病，是疫病的高发阶段。《后汉书》是这样描述当时的疫情：汉灵帝建宁三年（170年），南阳东关年仅五岁的幼童许阿瞿因感染疫病去世，在他去世之后的三年时间里，在许阿瞿墓的东面和北面，出现了大批染疫去世的儿童葬地，表明了当时疫病对于免疫力低的儿童造成了非常高的死亡率。
在疾疫面前，成年人也未能幸免。建安二十二年（217年），“建安七子”中就有五人因感染疫病去世。曹丕在《与吴质书》中云：
“昔年疾疫，亲故多离其灾，徐（徐干）、陈（陈琳）、应（应玚）、刘（刘桢），一时俱逝，痛可言邪？”
建安七子中的徐干、陈琳、应玚、刘桢在这一年染疫而亡，除了这四人，王粲也因为感染疾疫而去世。
汉献帝统治时期疫情最为严重，死伤人数最多。《后汉中》记载：
“安帝初，天灾疫，百姓饥馑，死者相望，盗贼群起，四夷反叛。”
由于当时社会生产力水平低下，医疗卫生非常落后，加上朝廷救灾不力，造成了无数人染疫而亡，尸横遍野。据史料记载，东汉末年，因为爆发各类大规模灾疫，人口大幅减少，157年东汉全国人口有5000多万人，到280年仅剩下1600多万，百余年间人口减少了3/4。同时疫病也造成社会动荡不安，民众纷纷起义叛乱。
由于古人对疫病的认知有限，他们认为发生瘟疫很可能是瘟神作祟。因此，在先秦时期除疫驱病的仪式十分盛行。比如秦汉时期，民间就流行一种“追傩”的习俗，在农历十二月底，立春的前一天，几百名童子头戴红巾，身穿奇异的服装，手持桃弓棘矢，做着奇怪的动作以驱赶恶神。
古人还认为疫病的产生与自然环境有关，气候反常、寒暑错位都有可能导致瘟疫。所谓“疠疾，气不和之疾。”秦、西汉时期，中原地区气候温和，植被丰富，但是到了东汉中后期，天气突然变得异常寒冷，当时又爆发了大规模的蝗灾，加上东汉朝廷极其奢靡，大兴土木建造亭台楼宇，乱砍乱伐破坏了自然生态环境，致使病原微生物滋生蔓延，最终爆发了历史上持续时间最长、死亡人数最多的瘟疫。《后汉书》中记载，汉桓帝时期“觽灾并凑，蝗虫滋生，河水逆流，五星失次……人民疾疫”。
人口密集也是疾疫爆发的原因之一。东汉末年的瘟疫起源于军营中，当时战乱频发，军队中人员密集，士兵长时间、高强度的行军打仗，身体疲惫，免疫力低下，战争又造成一些士兵受伤染病，加上军营中卫生条件又差，因此，军营中极易爆发瘟疫。
建武十八年（42），马援率军出征交阯，初战告捷，不料军中爆发了瘴疫（恶性疟疾等传染病），近一半将士死亡。建武二十四年（48），马援又奉命平叛五溪蛮的起义，第二年夏天，军中又发生了大规模的瘟疫，成百上千的战士死亡，马援自己也因为感染瘴疫而死。赤壁之战中，曹操也是因为军中遭遇了“大疫”而失败。《三国志·魏书·武帝纪》：
“公至赤壁，与备战，不利。于是大疫，吏士多死者，乃引军还。”
除了以上几点原因外，东汉时期人们有吃老鼠肉的习俗。在河北满城西汉中山王妻窦绾墓中，出土了一件有盖的陶壶，里面有一百余只完整的老鼠骨头，专家认为这些老鼠是作为食品随葬的。汉景帝阳陵墓中的一个藏坑也曾出土过几块老鼠骨头，经考古专家考证，这个藏坑是皇帝的御膳房。除此之外，考古学家在广州南越王墓、湖南长沙马王堆汉墓、湖南沅陵虎溪山汉墓中也曾发现过鼠骨，这说明汉代贵族们有吃老鼠的习俗。
不仅贵族吃老鼠肉，普通人也吃。史书上记载苏武牧羊，由于匈奴人不给他食物，他就挖野菜，采野果，捕老鼠吃。《三国志·魏书·臧洪传》中也有记载，将军臧洪被敌军围困，由于食物不足，便煮老鼠吃。
东汉疫病流行的另一个重要原因是朝廷黑暗，政局不稳，战乱频发。通常兵乱之后会出现疫病流行。东汉末年，汉桓帝和汉灵帝终日沉迷于酒色，外戚、宦官掌管朝政，朝廷内部争斗不断。汉献帝时期，军阀混战王室衰落，汉献帝自身难保，根本无力治疫救灾，导致疫情频发，越来越严重。东汉末年，正是因为疫病没有得到很好地控制，最终导致了黄巾军起义、天下大乱。
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