公元1375年，明朝在今天的阿里地区设立了“俄力思军民万户”，正式完成了对全藏的招抚工作。自此，明朝顺利继承了元朝对西藏及其他藏区的行政管辖区。而在对西藏的治理和管辖上，明朝除了沿袭元朝旧制，也根据当时的政治条件和民族关系制定了一套自己的行政管理机制。
基于卫所制度的管理机构
很有意思的是，在取代了元朝之后，明朝废除了行省制度，改用两京十三布政使司的行政体制管理内地，而在边疆地区，则通过军民统摄的都指挥使司下属的卫所进行管理。
卫所制度是在朱元璋起兵推翻元朝统治的战争过程中逐步确立起来的，后来成为明朝的基本军事制度。根据规定，一个卫所设有前后左右中五个千户所，而每个千户所辖有一千一百二十人，这样计算，一个卫所大概有五千六百人。卫所的官职多为世袭，其军士也多是父子相承。
正是在卫所制度的基础上，明朝在西藏等藏族地区先后设立了乌斯藏行都指挥使司、朵甘行都指挥使司、俄力司军民元帅府等三个大的行政机构，负责管辖当地军民事务。
明朝在西藏的行政设置
洪武六年（公元1373年），明朝正式设立乌斯藏卫指挥使司、朵甘卫指挥使司，归属西安行都指挥使司管辖。到了洪武七年（1374年），又将卫斯藏、朵甘二卫提升为行都指挥使司，让它们在行政级别上成为省一级的军事机构。
明代的乌斯藏行都指挥使司主要管辖今天西藏的前藏和后藏及其周边地区，在它之下，设有宣慰司、招讨司、万户府、千户所等基层机构。而随着明朝对藏区治理与管辖的逐步深入，为了加强地方管理，在朱元璋之后的几位皇帝时期，又先后增设了俺不罗（羊卓）行都指挥使司、牛儿宗寨行都指挥使司、领思奔（仁蚌）寨行都指挥使司、擦力巴（蔡巴）行都指挥使司等行都指挥使司，其都指挥佥事均为当地地方首领。
从字面上看，这些后来增设的行都指挥使司与乌斯藏指挥使司都是行都指挥使司，但应该不是同一级机构，比如在有关俺不罗（羊卓）行都指挥使司与明朝中央往来的记载时，就会在“俺不罗”前面冠以“乌斯藏卫”的字样，即“乌斯藏卫俺不罗行都指挥使司······”，说明这些行都指挥使司是隶属于乌斯藏都指挥使司的。
洪武八年（公元1375年），朱元璋“诏置俄力思军民元帅府”，负责管理包括今天的西藏阿里地区以及拉达克。“俄力思”是藏文“阿里三围”的明代译音，有明一代，有关俄力思地方的记载很少，而这一记载也是唯一能找到的明代在今西藏阿里地区的行政建置。从行政级别上来看，“俄力思军民元帅府”可能隶属于乌斯藏行都指挥使司，但是否如此，还有待考证。
可以看见，对于西藏地方的管理，明朝在设置行都武卫以保证边疆管理体制相统一的前提下，保有了西藏的地方特色，是一套基于当时的政治环境和民族关系而制定的较为合理的管理体制。
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