教会大分裂使教皇的神圣地位逐渐陨落，基督教统一世界的蓝图伴随着王权的加强逐步破裂。
大学在追求自治的道路上受到托钵僧的阻碍，而托钵僧象征着教皇的权力，14世纪英格兰大学与托钵僧之间的冲突表明大学与教皇之间并不是的关系并不总是和谐的，教皇也并不总是充当大学庇护者的角色，暗示了大学和教皇关系的变化趋向。
英格兰大学——主要是牛津大学，在中世纪晚期提出的反教皇的“学术异端”以一种更系统的方式将反教皇的思想形成一种学术观点并将之传播到英格兰的各个角落，酝酿了16世纪英格兰乃至整个西欧范围内的宗教改革运动。
在教皇式微的同时，英格兰国王不断加强自身的权力，积极参与大学事务，通过不断赞助大学的方式增强大学对自己的依赖性，并借此开始逐渐控制大学，在这样的时代背景下，英格兰大学开始显现出民族化的趋向。
英格兰大学与教皇势力的冲突
随着城市的发展和社会财富的累积，神职人员的生活水平也越来越高，部分神职人员逐渐走向腐化。为了反对这种日渐堕落的行为方式，13世纪出现了一种修道改革运动，一批修道士重申基督教的禁欲主义精神，他们标榜不置私产，以托钵行乞为生，故名托钵僧。托钵僧到处传教和聆听忏悔，履行了一些教士的义务，如埋葬尸体等。
罗马教皇对托钵僧相当偏袒，因为他们保护了教皇的最高权威。尽管当时教皇对教会的权力不断增大，但他对地方教士的控制却是很有限的，托钵僧形成了一支具有组织的大团体，并受教皇直接指挥。每个修会都有教士的代表，执行权力属于其个人，他对教皇负责，这样的托钵修会大大增加了罗马教廷君主政体的力量。
出于布道的需要，托钵修会对修士的神学学习十分重视，他们利用教皇为其提供的便利，进入大学接受神学教育，并在大学中发展新的修士成员，一些著名的修士也被教皇允许在大学讲授神学。然而，托钵修士并不能完全融入大学，甚至为大学带来了长期的危险，因为在许多方面，托钵修士都缺乏作为大学行会基础的内部团结。
首先，托钵修士只参加神学院的教学，拒绝听文学院的课并拒绝申请文学院的学位，这种态度只能招致文学院教师的不满，因为文学院是大学的基础学院，获得文学学位是学习其他课程的前提，文学院教师在大学内部十分重要。
其次，在神学院内部，托钵修士教师依旧严格服从于修会，在一些原本没有神学院的大学里，托钵会修道院被发展成为神学院，但是在巴黎大学和牛津大学，已经有世俗教师掌控的神学院，托钵教师只根据修会礼仪工作，丝毫不考虑大学自身的问题，他们对世俗同事所关心的事务视而不见，如相对于主教的自治、薪水等问题。他们只服从其修会上司的指令，而对学校的决定置之不理。
修士们将整个基督教世界作为他们的教区，帮助保持高等教育的国际性。根据教会的理论，既然教育造就了神职人员，那么教育应该对所有人免费，向学生收取学费就如同买卖圣职。显然，教皇和修士们把大学教育视作一种宗教活动，但事实上，虽然大学培养了大批神职人员，但是英格兰大学并不完全是宗教性质的，像这类自然发展形成的大学，具有更强的现实意义。
传统大学教师也并非都是神职人员和修士，世俗教师需要依靠学生支付的费用维持生活，而托钵僧修士却可以通过行乞、替人祷告、接受捐赠等途径满足金钱上的需求。所以当世俗教师集体为争取自己的权益集体罢不上课之时，托钵修士并不参与其中，这就表明了世俗教师和修士之间存在难以调和的矛盾。
托钵僧对大学的影响越来越明显，这引起了大学的注意。1253年牛津大学就为此展开过一次辩论，辩论的焦点是托钵修士是否有权在没有取得大学相关专业资格证的情况下从事神学研究，这个问题在当时得到了和平解决，但是托钵僧和大学的冲突在14世纪却再次爆发。
1303年11月，剑桥大学召开会议通过三项法规：一切法令和特许权只能通过大学全体会议的多数投票确定；剑桥所有的布道活动必须在大圣玛丽学院定期进行；在大圣玛丽学院进行布道的人选必须由校长确定。
托钵僧修士立马认识到这些规定对他们的威胁，方济各会和多明我会修士向剑桥大学抗议无果后于1304年3月派出两名修士前往罗马提出上诉。剑桥大学极力反对托钵修士对其自治权的破坏，将派出这两名修士的上级逐出了大学。这个案件并没有在罗马作出裁决，因为在1304年7月提出上述的几天之内，教皇本尼迪克特十一世去世了，在漫长的修会期间，剑桥大学校长和方济各会以及多明我会的领导者通过红衣主教乔兹的调解互相妥协了。
这三项法令依旧有效，但是免除了托钵修士最反对的那一项，允许他们在自己的教堂讲道。双方的妥协并没有化解矛盾，反而蕴含了更大地冲突。半个世纪之后，牛津大学和剑桥大学联合起来反对托钵修会在大学享有的特权。
1358年，牛津大学通过一项法令，禁止宗教团体接受18岁以下的学生献身修会。剑桥大学紧随其后，在1359年7月通过两项限制性更强的规定：每个修会每年只能有一位修士获得学位；同一修会在同一时间段只能有一名神学学士或者博士在大学授课，如果有特殊需求，必须经过大学全体会议的一致同意才能实现。
剑桥的修士们非常愤怒，再次向教皇法庭上诉。1364年11月，教皇命令坎特伯雷大主教召集剑桥大学校长和与此事相关的修士对此事进行处理，如果修士上诉的内容属实，那么剑桥大学就需要废除规定中修士的种种限制，坎特伯雷大主教按是否这样要求剑桥大学不得而知，但是之后教皇又参与了这件事的处理。
1365年7月，教皇命令大主教、兰达夫主教、班戈主教以及两所大学的校长等组织会议，说明大学为什么不愿意撤销限制托钵修士规定。会议给出了大学的理由和诉求，其中前两条都是由剑桥大学提出的：没有任何人可以在取得文学学位的之前就成为神学博士。
同一修会的两名成员不可以同时在神学院授课；在没有通过神学院公开考试的前提下，没有人可以讲授有关彼得·隆巴德的内容，这是一种属于神学博士候选人的神学讲座；如果任何主教或者亲王要为托钵僧成员求情，并因此造成大学的损失，那么大学将不再授予任何托钵修士以学位，直到大学的损失被托钵修士以及那些为之求情的人完全弥补为止。
教皇虽然两次直接要求解决大学和托钵僧之间的冲突，但是他们之间的矛盾实际并没有得到任何解决。
直到1366年5月，爱德华三世才采用比较强硬的态度勉强解决的这一难题，爱德华三世在国会下令：各方（大学和修会）在教育和学术的相关问题上，应该以礼貌友好的态度相互合作；取消对招募修士的年龄限制；没有正当的理由，大学不应该通过有损于托钵僧的规定；修士们应该放弃他们在此期间收到的所有来自罗马的公告和程序要求；国王应该解决双方未来争端，并有权惩罚所有违反现行法令的人。
至此，大学在这场与钵僧修士的对抗中失败了。1376—1377年，牛津大学四个修道院中有多达279名的托钵修士，其中103名方济各会修士，70名多明我会修士，57名加尔默罗修士以及49名奥古斯丁修士。
在剑桥大约600—700名学者中（这个数字只是推测性的），大约有200名托钵僧，这些修士几乎都在神学院任职，而一般世俗学者的分布模式是，50%的人学文学，40%的人学法律，只有10%的人学神学。
大学与托钵修士之间的辩论超出了大学本身的问题，上升到对教皇集权和托钵会道德观的质疑。大学在托钵修士兴起之后，面临着严重的庇护危机。亚历山大四世为了强加其意志，毫不犹豫并随心所欲地给予和取消大学的特权。
大学本来十分期待罗马教廷的支持，但是当亚历山大四世突然显露教廷的目的不是促进大学的发展，而是要求大学直接为教廷服务，并将其最可靠的支持者托钵会教师纳入大学，大学才发现自己无能力予以抵制。
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