政治学中所说的“自由”不同于哲学家们讲的“意志自由”，民众追求自由也不是指追求那种逍遥自在、无拘无束的状态。因此为了说明“自由”这个概念，约翰·穆勒在《论自由》的开头就声明政治学所要讨论的是“社会自由”——或者更确切的说是“政治自由”。
要想理解“自由”，就应将其与对立面结合起来进行思考。“自由”的对立面就是“权威”，在任何国家中，总是由统治者占有权威，并以此来限制被统治者的“自由”。所以“自由”的最基本含义就是对“权威”的抵抗和限制，表现为民众意图限制统治者的权力，避免其被滥用到无以复加的地步。
最开始的自由：抵抗暴政的手段
无论是东方还是西方，无论是秦汉还是希腊罗马，都曾发生过统治者滥用权力的事情。
《汉书·食货志》说，在三代之时，王室把田地分封给民众，民众服完一定的徭役、耕种完公田之后，就可以自由的支配自己的田地，所以《诗经》说：“雨我公田，遂及我私。”只要民众按时服徭役，纳贡税，那么官府是不会干涉他们的私生活的。然而随着周厉王止谤、周宣王“料民”，出现国家权威干预民众私生活的趋势；及至战国，商鞅废井田、开阡陌，鼓吹“农战”，视工匠、商人、士人等为“蠹虫”，用国家的权威来要求民众从事农业。到了秦朝建立后，徭役增多、赋税繁重，加之官府日益干涉私人生活。终于导致民众忍无可忍，尽皆起而造反。汉朝建立后，鉴于亡秦之失，才使国家权威逐渐退出私生活，与民休养生息。
阿庇安《罗马史》记载，古罗马自建成以来实行的是王政。因第七代国王小塔克文暴虐无度，强抢民女，终于导致民变，建立起了共和制度。
显然，最初的“自由”在民众看来就是对私生活的捍卫，想要通过造反、叛乱的方式来限制统治者的权力，避免其滥用过度。只要统治者不搞苛捐杂税、不折腾得民不聊生，那么小民们也就会安于现状，接受分封礼拜、叩头颂圣的封建统治。自由最初表现为通过“民变”这种方式来限制统治者的权力，使统治者知道不能太过骄横，以免激起“民变”。
这是“自由”与“权威”进行斗争的第一阶段，“自由”只追求获得承认，还不敢向“权威”讨要太多；并且要叛乱来威胁“权威”，使其意识到不能放纵过度。
发展了的自由：用法律来限制权威
“民变”对统治的限制是很有限的，因为它的界限模糊不清，统治者不知道民众的底线在哪里，所以无法给自己的欲望划出红线。
民众在与统治者进行多次斗争后，他们发现与其用造反来吓唬统治者，不如用法律与道德来约束权力更有效。所以1215年，英国的约翰王在封建领主、教士、骑士以及市民的联合压力下，被迫签署了《大宪章》，承认君主的权力并非不受限制。
经过多年的演变，在法国大革命前夕，即使波旁王朝的路易十六拥有很大的权力，但他要想为宫廷搞到钱，还得召开三级会议，征求民众对增税政策的同意。
在这个阶段上，即使是中国古代的皇帝们也要受到礼法的限制。宋英宗和明世宗想要追尊自己的生父，也得与文官们进行激烈的斗争；明神宗即使贵为一尊，也曾在“国本之争”中败下阵来。
用法律来限制统治者的某些权力，这是近代政治的一项发明，但终究无法保障自由。因为统治者的“权威”依然站在民众的“自由”的对立面。因此，民众决定要把统治者拉下马，实现“权威”与“自由”的统一。
异化了的自由：民众自己统治自己
在卢梭的主权学说中，民众既是统治者也是被统治者，既可以是“人民”、也可以是“公民”、还可以是“臣民”。服从公意就是服从自己，服从于国家，就是服从于人民。因为民众作为主权者，他们是自己统治者自己——他们可以选择自己的代理人，由这些代理人在一定期限内实现统治；同时他们也统治着这些代理人，因为代理人是由他们推举的，并且还能够撤换。
这样，经过革命之后，统治者与被统治都是民众，“权威”与“自由”似乎实现了统一，不再发生对抗，也没有对权力进行限制的必要。
然而，当卢梭的学说付诸实践之后，却演变成法国大革命时期罗伯斯庇尔治下的恐怖统治。这种恐怖表现为“社会的暴虐”，自由、平等与博爱的口号就像十字军东征时呼喊的“捍卫宗教、解放圣地”一样，充满着狂热与暴虐。罗兰夫人在“社会的暴虐”下被推上了断头台，发出那句著名的哀叹：
自由啊自由，天下古今多少罪恶，皆假汝之名以行！
约翰·穆勒认为人类存在着一种天性，总是想要把自己之所想的、所喜的东西强加于人，无论这种所想、所喜是宗教信仰、政治理念、偶像崇拜抑或是兴趣爱好，都概莫能外。当个人进入群体之后，会被乌合之众的心理所支配，进而丧失理性与智力，意图同化一切个体，使其遵从大多数人的意念。这样就使从前统治者个人的权威异化成为乌合之众的集体权威，这种集体的权威比专制君主的个人权威更为有力，因为君主只能通过法律、权力的手段来有形的消灭个体，而乌合之众却还能够利用舆论、道德的方式来使个体消灭于无形。
社会干预个人自由的界限
因此，在社会权威与个人自由之间必须要有一条界限。少数人服从多数人，这是必要的，但这种“服从”也必须有个限度，以保障个体的自由。这个界限在穆勒看来就是防卫，他说：
违背文明社会中任何一个人的意志，并且正当地对此人行使权力的唯一目的，也只能是为了阻止他危害他人。
只有当一个的行为潜在的具有危害他人的可能时，社会权威才能行使权力，对其自由进行干涉。例如一个人在公共场合散播谣言，可能会引发民众的恐慌，进而造成社会危害，那么此时就应当干涉此人的私人言论，令其闭嘴。但在另一种情况下，这样的干涉无疑就是对自由的冒犯，例如某个思想超前或者异端分子，发表了不同于主流意识的观点，这种言论虽然会令大部分民众不快，但它对人们的生命财产并不发生侵害。如果乌合之众们只因思想分歧便群起围攻一个异端，那社会宽容、个人自由甚至人类的思想进步就极为有害了。
在不侵害到他人的前提下，有三种自由是一定要宽容，并使之趋向绝对的：
第一种、个人在自己的意识领域或者纯粹私人内的思想、言论、写作的自由，这种自由并不干涉到他人。如果加以限制，必然会导致恐怖的氛围。
第二种、个人在志趣、兴趣、志向方面的选择自由。任何人都不应当以为自己的见识更高明，而干涉他人的人生规划、阻止其选择适合自己志趣的生活方式。
第三种、每个人都有选择自己的同伴，加入志向相同的团体，只要他不是受骗或者受胁迫，那么这种自由就不应该被干涉。
无论在任何情况，政治学中的“自由”都意味着对权力的限制，意味着对抗“权威”的压迫，无论这种“权威”是来自君主或是乌合之众。
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