日本的南北朝时期是指1336年至1392年这段时间内，日本同时出现了南朝和北朝两个天皇，并有各自的传承。

这一时期是日本历史上一段分裂的时期，处在本州、四国、九州三个大岛。日本南北朝的起始可以追溯到后醍醐天皇和足利尊氏之间的权力斗争。

后醍醐天皇是当时的天皇，他不满于幕府的统治，试图通过“新政”改革来加强天皇的权力。然而新政未能满足武士的要求，而且仅仅重用京都的公卿贵族，故引来武士不满。其中倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐予天皇名字中的尊字，但他有意开幕府，而后足利尊氏迫使后醍醐天皇退位，并立持明院统之光明天皇。

光明天皇策封他为征夷大将军，建立室町幕府，是为北朝之始。而后醍醐天皇被迫退位后设法逃出，持着天皇象征的三神器退往大和的吉野，这就是当时日本的南朝（其实两地离的并不是太远）。

这一时期的日本就出现了两位同时存在的天皇，也就是后醍醐天皇和光明天皇，而日本的天皇其实更像是教皇，代表日本信奉宗教天照大神，也就是太阳女神的后人，所以此时的日本更像是东罗马与西罗马的状态。这两个人就在南北朝时期分别代表了南朝和北朝。

后醍醐天皇在吉野建立了南朝，与北朝展开了长达60年的斗争。他设法联合各地的武士反抗北朝的统治，并多次发起战争“北伐”，但始终未能成功统一日本本土。

后来，身在南朝的后醍醐天皇去世，在没有“教皇”的南朝，其势力也逐渐变得衰落。而在北边的光明天皇，其在位时“北朝”得到了足利尊氏的支持，使得北朝的内部也逐渐变得稳定。

然而，光明天皇寿命也有限，在他去世后，北朝也逐渐陷入了动荡。并且在足利尊氏去世后，北朝逐渐由足利氏的子孙掌控，但此时的北朝还是相比南朝更稳定些。

在南北朝时期，两位天皇之间的关系十分复杂。他们分别代表着南朝和北朝，争夺着天皇的正统地位。但是随着时间的推移，南朝逐渐衰落，北朝的政权逐渐稳定。最终在1392年，北朝的后代足利义满击败了南朝的最后一位天皇，实现了全日本的统一，结束了日本列岛南北朝时期。

两位同时存在的天皇，后醍醐天皇和光明天皇，在南北朝时期分别代表了南朝和北朝，他们之间的斗争成为了日本历史上的一段重要篇章。最后，南朝天皇的后代逐渐衰落，南朝的后龟山天皇交还代表日本天皇的三神器（铜镜，铁剑，勾玉），而北朝天皇的子孙则成功地实现了全日本列岛的统一，从此日本列岛结束了南北朝时期。

虽然日本列岛南北朝统一了，但即使到近代，还有一部分日本的学者认为，北朝的皇帝是伪天皇，真正日本天皇的正统是南朝的后龟山天皇后裔。后来在明治44年（1911年），日本政府宣布了南朝一系为正统，后龟山天皇被当作日本历史上的第99代天皇。（明治这位天皇对待自身的位置的真伪看的也挺开），后来日本二战战败，去军国化后，出现一批形形色色自称是南朝天皇后裔的人，这些都是以后的事了。