康熙刚刚继位时的清朝，不仅民间暗藏诸多反抗清朝的力量，就是在台面上，也有两支仍公开效忠明朝的军事力量，他们奉明朝为正统，跟清朝对抗。
康熙继位的这一年，对于整个中国来说，也是颇具转折意义的一年。同年，南明末代永历皇帝被吴三桂从缅甸抓回逼死，支持南明的能臣猛将李定国病逝。永历皇帝的驾崩，对于很多支持明朝的人来说是一个很大的打击。即便当时永历皇帝手上能亲自指挥的军队已经很少，但他仍是很多人心中的一杆旗帜。
所以，当永历皇帝遇难的消息传来，身处台湾的郑成功也得了重病，同年去世。台湾也经历了一场夺取权位的内乱，后来由郑成功的儿子郑经继承大权。
郑经尊奉明朝宗室，仍以永历为年号，表示继承明朝大统。虽然实权在郑家手中，但遇到一些大事决议的时候，他们也会让明朝宗室在一旁观礼。
跟一般军事集团不同，郑氏抬出南明的旗帜，让他们可以获得更多人的支持。那些眼看无力挽回局势，但又不愿意投靠清朝的人，就选择站在郑氏一边，抱着一个渺茫的希望，期盼有朝一日可以重新恢复大明国祚。
所以，当郑经决定放弃福建沿海岛屿，决定全部撤回台湾的时候，仍有七千多人主动放弃祖辈传下的基业，一同跟随到台湾。
而且，当时治理台湾的是陈永华。相传他还是天地会的创始人。这是一个很有能力的人。他为台湾定下明确的发展目标，用三十年时间积蓄实力，准备跟清朝抗衡。在这段时间，他开垦荒地，鼓励耕种，种甘蔗煮糖，晒盐贩卖，跟东南亚等海外地区都有贸易往来。
在军事上，也勤修武备，操练阵法，修造战船。同时在内部也进行更多体制变革，可以让郑氏集团适应新形势下的要求。
所以，康熙要面对的不是一个军事集团，而是一个有较为完整体制的政权。康熙时年只有八年，即便天资聪颖，但也无法解决这么大的难题。不过，顺治退位前，朝廷中留下辅政大臣，宫廷中也有孝庄皇太后。
清朝对台湾郑氏的态度就是有一定的打压围堵，一面也有沟通劝降。纳兰明珠跟郑经之间还有书信往来。
当然，台湾明郑政权的问题，一时半会儿也解决不了。所以，清朝把目光放在位于湖北的“夔（kuí）东十三家 。
这支军队也是公开尊奉明朝。只不过他们没有明朝宗室可以尊奉，但用的也是明朝永历年号。跟郑氏不同，夔东十三家的人员主要来自于昔日的农民起义军。他们跟明朝之间，本来势同水火。正是因为李自成大军攻入北京，才导致崇祯自缢，吴三桂开关放入清军。一切如同多米诺骨牌一样倒塌。
可是，在清军攻势愈加猛烈下，农民起义军开始不断加入明朝军队中。夔东十三家就是其中之一，他们基本是大顺军的残部。在整个清军击败明朝的过程中，夔东十三家更像是被遗忘一般。他们在四川、湖南、湖北、陕西、河南几个省份活跃，划16个营，由刘体纯主持军务，共同组织抗清。
这支军队能坚持到康熙年间，其实有很多因素决定的结果。一方面，他们的作战地点都是有效发挥地理环境的作用，依靠山势水利跟清军交战。
另一面，那些加入夔东十三家的人，大多是对清朝有极度不满的人。这些人对夔东十三家效忠度很大。这也是为什么到后期清军打入时，极少有人投降的缘故。夔东十三家的军队一面打仗，一面组织生产，巩固力量。
对于清军而言，他们的主要目标是那些打着反抗旗帜的明朝宗室，这些人更有号召力。当他们把南明末代皇帝都逼死后，就把主要打击目标放在夔东十三家上。夔东十三家虽然打得十分顽强，但实力还是差距太大，最终苦战而亡，以牺牲殉国。
郑经在台湾时，也曾率兵攻打清朝，只是以失败告终。这对于明郑而言，无疑是很大的实力消耗。而且，郑氏内部也出现许多问题。郑经、陈永华去世，明朝宗室地位下降，也需要开荒养活自己。而且还出现争权问题，最后康熙二十三年被纳入大清版图中，明郑亡，留在台湾的明朝宗室皆自杀殉国。
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