元朝以武力统一中国，并以武力巩固其统治，在全国各地派驻了大量蒙古军队，以元朝宗王、万户统之。仅扬州一地，蒙古士卒最多时达9000余人，云南王、梁王统治的云南亦有十几万驻军（包括色目人）。诸王封地、蒙古官员也带有大量蒙古属众。
元惠宗仓皇北徙，元朝统治迅速崩溃后，在内地和南方各省的数十万蒙古驻军未能逃出，大多数被明军俘虏和收降，有的参加了明军。故《蒙古源流》称：“方大乱时，各处转战蒙古人等四十方内唯脱出六万，其三十四万俱陷于敌。”
明初，又有大批蒙古军民进入内地：有的是在明朝和北元的历次战争中，被明军俘虏或收降的蒙古军民，如在“沈儿峪战役”中，北元官员、士卒85000余人被俘，在“捕鱼儿海之战”中，蒙古贵族、官员、士卒九万余人被俘，其中贵族、官员及家属等照例遣送京师（南京），其余部众安置塞内卫所屯牧，与汉军杂处。
有的是被明军迁徙的居民，如洪武四年（1371年），明将徐达为封锁北元，将北平山后之民、沙漠遗民19.7万余人迁入塞内各卫府。
有的是为逃避蒙古地区的战乱或为穷困的生活所迫，由首领率部主动归降明朝，如洪武十四年（1381年），故元将领火里火真率将校41人、部众177户投明朝，永乐三年（1405年），北元平章把都贴木儿（吴允诚）和伦都儿灰（柴秉诚）率部众5000余人投明朝。
即使排除其中跟随蒙古贵族北撤的部分汉族官员和士兵，明初进入内地的蒙古人也有数十万。
明朝对于蒙古人的怀柔政策
明朝为了分化和瓦解北元，招引更多的蒙古人投降明朝，对内地的蒙古人采取了怀柔和安抚政策。对贵族、首领、官员等，授以显职，给予厚禄，立功者受奖晋职晋爵。
金忠
明朝前期，有17名蒙古人分别得到王、公、侯、伯的爵位，如洪武三年（1370年）在应昌战役中被明军俘虏的元惠宗孙买的里八腊，被封为崇礼侯；洪武二十年（1387年）被明军收降的北元丞相纳哈出，被封为海西侯；永乐时，火里火真被封为同安侯；永乐二十一年（1423年）阿鲁台旧部也先土干（金忠）归附明成祖，被封为忠勇王，明宣宗时，加封为太保。
在各级文武官员中，也有蒙古人任职，且其俸禄高于同级汉官。文官中，洪武十年（1377年）被明军俘虏的北元平章安童，洪武二十三年（1390年）正月被任命为刑部尚书。北元丞相咬住、忽哥赤于洪武二十三年（1390年）降明后，咬住被任命为右副都御史，忽哥赤为工部右侍郎。
担任军职的蒙古人更多，前述火里火真先后任燕山中护卫千户、都督佥事、右副将军；永乐时投明的把都贴木儿历任右军都督佥事、都督同知、右都督、左都督；伦都儿灰授后军都督佥事；故元知院薛台子薛斌跟随明成祖征战有功，历任燕山右护卫指挥佥事、都督佥事、都督同知、骠骑将军，其弟薛贵任都督佥事；故元辽阳行省右丞通伯子玛鲁（吴成）随明成祖征战有功，先后授都指挥佥事、都指挥使，洪熙元年（1425年）进左都督。其余任指挥、总旗、镇抚、千户、百户等职的蒙古人则不计其数。
在用人上，明太祖在建国初年就提出“不分等类，验才委任”。一些有才学的内地蒙古人得到任用。明军接管大都后，在故元翰林院、回回司天监中没有北撤的蒙古人、色目人仍然让他们各司其职，有文化的蒙古人也分别安置在礼部主客司、鸿胪寺、行人司、四夷馆等机构担任通事、教习等职务，发挥其专长。
如洪武时，火源结担任翰林院侍讲，编著《华夷译语》，并与其他蒙汉学者一起将著名的《元朝秘史》翻译为汉文，使这部珍贵的历史文献得以传世。元朝旧臣火你赤标（霍庄）归附明朝后，于洪武九年（1376年），被明太祖任命为翰林院蒙古编修。
故元兵部尚书绰罗（李贤）于洪武二十一年（1388年）投明，先后担任燕王府纪善、都指挥同知、后军都督佥事、右都督，屡向明成祖禀陈己见，翻译塞外表文及朝廷诏敕，并向明成祖举荐蒙古族文人七十等。七十任蒙古教习，洪熙元年（1425年），升鸿胪寺右丞，故元旧臣答禄与权洪武时投明后，先后担任秦府纪善、御史、翰林院修撰等职。永乐时投明的七十五（徐晟），以翻译民族文字见信任，在锦衣卫任职，参与处理各地民族事务。
明初散居内地的蒙古军民，与当地居民杂居，从事各种职业，各自谋生，或参加了明军。历次战争中被明军俘虏的普通蒙古军民，或投附明朝的普通蒙古军民，有的被分配到塞内各卫所屯牧，有的被编入明军。明朝曾抽调蒙古壮丁组织起13支队伍，称为“土达官军”或“汉达官军”，驻防各重镇。
朱棣
燕王麾下的军队中就有蒙古阿速部人、兀良哈三卫人，他们为燕王朱棣夺取帝位起了重大作用。永乐以来北京羽林军所属“勇士营”也是以漠北来附军卒组织起来的。北京三大营（五军、三千、神机）中的“三千营”，是以蒙古降丁组成的骑兵，“专扈从出入，管车荤宝纛等事”。
明廷任用的蒙古人的表现
得到任用的内地蒙古人，大多数都努力效忠于明朝，参与南征北战，立下显赫战功。如把都帖木儿（吴允诚）一家均恪尽职守，其子吴克忠、吴克勤、孙吴瑾在“土木之变”中均战死于沙场。
火里火真之远孙火斌在嘉靖三十三年（1554年）战死于抗倭前线。有的由于各种不同原因，不满明朝统治，起兵反抗，如故元平章月鲁帖木儿于洪武十五年（1382年）降明后，被封为建昌卫指挥，洪武二十五年（1392年）起兵反明，同年被蓝玉所率明军镇压；故元平凉万户把丹孙满四（满俊)因受明官员敲诈索贿，于成化四年（1468年）率部起义，众至二万，震动关中，曾一度大败明军，射死明伏羌伯毛忠（蒙古族），伤明总兵刘玉，后遭明六路大军围困，缺水断粮，起义失败。
万历二十年（1592年），明朝宁夏蒙古族副总兵哮拜哮承恩父子，因遭汉族官员的排挤和凌辱，起兵反明，攻占宁夏城（今银川），擒杀明副使石继芳、党馨，劫总兵张维忠，焚公署，拘明庆王，致全陕震动，后被麻贵（回族）、李如松（朝鲜族）所率明军镇压。
明廷为了防止内地蒙古族的反抗，将其贵族、首领、官员与部众分别进行安置，上层留居于城市，部众分散于全国各地。发现有敌对倾向的上层人士，或加以诛除，或流徙于琉球、耽罗等海上孤岛，如“捕鱼儿海之战”中被俘的王子地保奴因口出怨言，使居之琉球，云南梁王的后人被遣送耽罗。
明朝还对内地蒙古人等采取强迫同化政策，在《大明律》中规定，“不许本类自相嫁娶”，并令他们改取汉姓汉名，改变服饰。由于长期杂居、同化的结果，内地蒙古族基本上融合到汉族和其他民族中。在云南、四川、河南的个别地区，其后人至今还保留着蒙古族的特点或传统。
如云南通海县现在还聚居着四千多蒙古族。
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