大菱鲆（Scophthalmus maximus），又名“多宝鱼”（图1），自1992年引入中国后，在育苗技术的突破、养殖模式的创新、品种优良的品质及良好的营利性等因素共同推动下，大菱鲆养殖业发展迅速，成为我国重要的海水养殖鱼类。近年来，大菱鲆养殖业面临着种质资源衰退、良种缺乏和病害频发等问题，限制了大菱鲆种业的发展。因此，利用高效的现代分子育种技术培育高产、抗病、抗逆大菱鲆新品种，对提高大菱鲆育种效率、促进大菱鲆产业可持续发展有重要意义。

中国水产科学研究院黄海水产研究所与华智生物技术有限公司合作，利用自主研发的cGPS（Genotyping by Pinpoint Sequencing of captured targets）靶向测序分型技术，开发了国内首款大菱鲆30K cGPS液相育种芯片“菱芯1号”，该育种芯片可应用于大菱鲆种质资源鉴定、遗传多样性评估、遗传图谱构建及QTL定位、全基因组关联分析、分子标记辅助选择、全基因组选择育种等不同应用场景，为培育生长速度快、抗病、抗逆性强的优异大菱鲆品种提供高效基因型鉴定技术支撑。

1、位点通用性好、多态性高、基因组分布均匀

基于40个大菱鲆家系、多样性丰富的699份代表性材料的全基因组重测序数据，优选代表性强、多态性高、通用性好的SNP位点31,803个，涵盖了与体重、抗细菌病、耐高温等遗传效应显著位点和性状关联位点，构成大菱鲆30K cGPS液相育种芯片，位点均匀分布于染色体（图2）。

2、功能位点及性状基因关联位点丰富

芯片包括与大菱鲆体重、抗细菌病、耐高温等性状基因关联分子标记位点5,113个，可用于重要经济性状的基因挖掘鉴定以及高产、抗病新品种选育。

3、产品技术参数优良

经测试验证，产品位点检出率高，平均位点检出率为99.8%（图3）；产品稳定性好、基因型准确度高，重复样本基因型平均一致率为99.6%（图4）；产品性能优良。

图3 大菱鲆30KcGPS液相育种芯片标记位点在样本中的基因型检出率

1. 大菱鲆种质资源鉴定和遗传多样性评估等。

2. 大菱鲆遗传图谱构建、基因定位以及全基因组关联分析等。

3. 大菱鲆分子标记辅助选择、全基因组选择育种等（图5）。

4. 大菱鲆重要性状基因的挖掘鉴定和功能解析等。

1、中国水产科学研究院黄海水产研究所

黄海水产研究所的研发团队为中国水产科学研究院海水鱼类基因组与分子育种院创新团队，团队首席为陈松林院士。该团队长期从事鱼类种质保存、基因组解析、性别控制与基因组育种等研究，建立了鱼类种质冷冻保存技术体系，发现我国首个鱼类性别特异分子标记，破译我国首个鱼类（半滑舌鳎）基因组，揭示其性别决定机制，创建分子性控技术，解析鲆鳎鱼变态分子机制；研制我国鱼类首款抗病育种基因芯片“鱼芯1号”，建立抗病基因组选择育种技术，育成新品种4个。陈松林院士获国家技术发明二等奖2项（第一）、国家科技进步二等奖1项（第二）、中华农业科技奖一等奖2项和优秀创新团队奖1项（第一），以第一和通讯作者发表SCI论文220多篇，含Nature Genetics论文2篇，第一发明人授权发明专利40件，主编中英文专著5部。

2、华智生物技术有限公司

华智生物是在农业农村部倡导以及国家发改委、科技部、湖南省等相关部省委支持下，由中信农业、隆平高科等十余家龙头种企和专业机构共同组建的、我国领先的第三方生物种业关键共性技术平台和国家级分子育种创新服务平台，入选国家农作物、畜禽、水产三大类种业阵型专业化平台企业和首批20家种业打假维权种子检测机构推荐名单。

华智生物融合生物技术（BT）与数据技术（DT），为客户提供基因型鉴定、种质资源鉴定评价、性状基因创制挖掘鉴定、生物信息分析、种质创新创制、分子和智能育种、生物智能大数据管理和应用、品种测试评价、种子质量/土壤环境/农产品安全检验检测、生物技术法规服务等全链条、一站式综合解决方案。华智生物的产品和技术服务贯穿种业全产业链，覆盖了农作物、畜禽、水产、果蔬、林木、花草、中药材、微生物等230多个物种领域，每年为800余家单位和团队提供服务，年完成服务合同1,000余份，年检测样品超过130万份。

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