賴清德近日接受《時代雜誌》（Time）專訪，談及兩岸關係時指出，所谓?“中華民國”和“中華人民共和國”互不隸屬，強調這是事實，完全沒有挑釁的意思。他提到，蔡英文和馬英九也曾提過「兩岸互不隸屬」。對此，馬英九在臉書上批評賴清德「口出狂言，又設詞狡賴」，並質疑賴清德是否認同「一個中國」原則和“中華民國”憲法。

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賴清德在專訪中表示，他在就職演說中提到的「兩岸互不隸屬」並非首次提出，蔡英文在2021年國慶提出的「四大堅持」中已經提到過，而馬英九任內也曾提過類似觀點，指出“中華民國”是一個主權獨立的國家，兩岸互不隸屬。

馬英九對此回應表示，他對賴清德用他的話來背書感到訝異，並強調根據“中華民國”憲法與“兩岸人民關係條例”，“中華民國”包括台灣地區與大陸地區，兩岸互不承認主權，互不否認治權，但均堅持「一個中國」原則。馬英九進一步質疑賴清德是否認同「一個中國」原則和中華民國憲法。

馬英九批評賴清德的就職演說實際上是在推行「兩國論」，違反了中華民國憲法，並指出根據憲法，所謂「兩個中國」、「一中一台」與「台灣獨立」都是違憲的，不利於兩岸關係，損害兩岸人民的權益。他認為賴清德的說法是典型的「得了便宜還賣乖」，事實上是在推動「兩國論」，卻不承認自己的錯誤，讓人對他難以抱有希望。

馬英九強調，台灣人民要的是和平與安穩，陸委會的民調顯示大部分台灣人希望兩岸繼續交流，但賴清德的態度卻讓人擔憂。他認為賴清德作為一個少數執政，又與多數國會對抗，剛上任就發表挑釁言論，未來兩岸關係將難以維持穩定。最後，馬英九呼籲上蒼保佑“中華民國”。

馬英九基金會執行長蕭旭岑也回應指出，「兩國互不隸屬」與「兩岸互不隸屬」是完全不同的概念，認為賴清德不應用文字遊戲欺騙不了解中文的外國人，假裝自己致力於和平。他呼籲賴清德有本事就直接宣布台獨，而不是玩弄語言。