结构生物学作为一门发展迅速的学科，蕴藏着无数个为伊消得人憔悴的科学问题。同样，结构生物学也拥有惊人潜力与大片的「蓝海」。
施一公和颜宁两位院士的研究令我们看到了结构生物学的魅力，有别于传统的生物学，它更侧重于剖析物质的结构，从结构去阐释功能。也正因如此，其他科研人总是会感叹于结构生物学那令人羡慕的发文速度……
在当下的科研中，即使是其他方向的研究，也会涉及到分子结构的研究。而在这时候，PyMOL 软件给无疑是所有从事结构生物学研究工作者的强大助力。
只要掌握了 PyMOL，不仅能让你在研究分子构造时得心应手，更能让你的论文图片变得更加专业精美！
图片来源：PyMOL 官网
接下来本期小编带领大家遨游学术之海，领略 PyMOL 软件的神秘魅力。
PyMOL ：从入门到……
PyMoL 软件以「Py+MoL」命名，Py 表示该软件由计算机语言 Python 衍生而来，MoL 则是英文 molecule 的前三个字母，表示该软件是一款分子可视化软件。其适用于绘制小分子或生物大分子如蛋白质的三维结构图像，具有免费的开放源码、鼠标操作与命令行操作、文档文件和会话文件并存等优点。
据统计在已发表的论文里，约有四分之一的蛋白质结构 figure 由 PyMOL 软件制作而来。
看似不太友好，实则非常简单的 PyMOL 软件界面
PyMOL 软件界面较为清晰，对新手友好，界面包括窗口菜单、加载文件、图像处理等。打开软件后，出现两个窗口，包括菜单窗口和显示窗口。
其中，菜单窗口包括菜单、记录操作窗口、命令输入窗口和常用命令集成面板窗口。显示窗口包括可视化窗口、命令输入窗口和对象列表。
图片来源：作者自制
鼠标会用吧？那你已经学会 PyMOL 了
在此，小编以绘制蛋白质结构图像为例：
首先，从 PDB 蛋白数据库 （https://www.rcsb.org/）下载目的蛋白的 PDB 文件，如蛋白 4ZJF.pdb。也可以通过 PyMOL 下载蛋白的 PDB 文件，点击菜单中File->Get PDB, 在 PDB ID 对应框里填入 PDB 的编号。
此时，窗口显示出蛋白的三维结构。点击红色方框中的「A，S，H，C」，分别代表 Action, Show, Hide, Color 能够对蛋白结构进行编辑调整。
图片来源：作者自制
Action：对蛋白结构进行加氢原子、复制和删除等操作。
Show：将蛋白结构以 cartoon、line、stick、sphere、surface、mesh、dots 和 ribbon 等多种形式展示。
Hide：根据蛋白结构的状态进行隐藏。
Label：用以作标记，能够显示蛋白质中氨基酸残基和原子等名称及属性。
Color：对蛋白结构的颜色进行调整。如部分论文要求为了方便红绿色盲患者阅读，不可使用红绿色搭配，此时可使用该选项进行修改。
在进行上述操作时，使用鼠标的滚轮对蛋白结构进行平移和切割，使用鼠标的左右键对蛋白结构进行旋转和缩放。
图片来源：作者自制
此外，若想查看蛋白结构图像对应的氨基酸序列，点击查看「S」，代表 Sequence。序列信息将会出现在窗口显示菜单的上方。点击任意一个氨基酸，氨基酸的位置将在蛋白质结构图像上体现。
当然，显示窗口里蛋白质结构图像的背景颜色默认是黑色，论文中 figure 的背景颜色需要设置为白色。此时，点击菜单栏中选项Display->background->white，即可替换背景颜色。
上述操作结束后，小伙伴们就可以导出或保存绘图文件啦。一般保存为pse文件，点击选项File->Save Session，pse 文件格式方便修改调整。
或者保存为图片，点击File->export image as->png选项，使用窗口右上角的Ray/Trace设置图片分辨率。
看了上述干货教程，你学会了吗？使用科研软件在于多探索，多研究，不要担心出错。每一次碰壁、错误都是宝贵的学习财富。
有兴趣的同学可以登录 PyMOL 官网（https://pymol.org/2/）下载 PyMOL 软件。
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