1.1999年10月8日，卫生部发布关于查处“中科灵芝孢子胶囊”等违法产品通告。
2.2007年中科灵芝孢子油发布含有使用医疗术语或与药品相混淆用语内容的违法广告，严重欺骗误导消费者被山东省食品药品监督管理局禁止在山东销售三个月。
3.2009年5月份的江苏省食品药品监督管理局发布2009年第4期违法保健食品广告公告（总第41期）中，南京中科药业有限公司的“中科爱特胶囊”与中科灵芝健康服务中心的“中科灵芝孢子油”均因篡改审批广告内容严重违法被移送同级工商行政管理部门，并被南京日报等媒体曝光。
4.2009年6月8日江苏省食品药品监督管理局发布2009年第5期违法保健食品广告公告中，南京中科药业有限公司的“中科牌灵芝孢子油软胶囊”、“中科牌牌银灵通胶囊”、“中科牌牌甲尔胶囊”涉嫌广告违规13次被通报，违法原因主要是非药品宣传治疗功效，夸大产品适应症、功能主治或含有不科学地表示功效断言、保证，利用国家机关及其工作人员名义或利用医药科研单位、学术、医疗机构或专家、医生、患者等名义和形象作证明，未标注广告批文，非药品宣传治疗功效，未经审批擅自发布等。
5.2010年1月14日的“广东省2009年第5期违法保健食品广告公告”结果显示，南京中科集团股份有限公司生产的“中科牌灵芝孢子油软胶囊”广告违规7次，主要因为其夸大产品适应症、功能主治或含有不科学地表示功效断言、保证含有其它严重欺骗和误导消费者的内容。
6.2010年6月25日山西省食品药品监督管理局的“2010年第二期违法保健食品广告名单”中，南京中科生化技术有限公司的“中科牌灵芝孢子油软胶囊”因严重违规、表示功效的断言、保证等原因被移送工商行政管理部门，并被山西晚报等媒体曝光。
7.2010年7月份江苏省食品药品监督管理局发布2010年第4期违法保健食品广告公告（总第52期）信息显示，南京中科药业有限公司的中科牌甲尔胶囊被通报。
8.2011年2月15日江苏省食品药品监督管理局的“2010年第12期违法保健食品广告公告（总第60期）”中，南京中科药业有限公司的“中科牌爱特胶囊”、“中科牌番茄红素胶囊”、“中科牌甲尔胶囊”、“中科牌灵芝孢子油软胶囊”均因严重违规被通报，总违规次数达28次，被现代快报和扬子晚报等媒体曝光。
9.2011年12月6日江苏省食品药品监督管理局的“2011年第10期违法保健食品广告公告（总第70期）”信息显示，南京中科药业有限公司的“中科牌番茄红素胶囊”、“中科创新牌灵芝孢子油”、“中科牌甲尔胶囊”因广告违规3次以后被通报。
10.2014年10月17号，南京中科集团股份有限公司广州分公司由于虚假宣传被广州市工商行政管理局海珠分局处罚
11.2014年10月29日中科健康产业集团股份有限公司苏州分公司因虚假宣传，欺骗性交易被苏州市姑苏区市场监督管理局罚款5万元。
12.2015年2月12日，中科健康产业集团股份有限公司武汉分公司曾因在其制作的宣传资料中称，其销售的灵芝孢子油国家食品药品监督局的批准的功能是“增强免疫能力，帮助抑制肿瘤”，因“存在虚假宣传的成分”，被武汉市洪山区市场监督管理局责令停止违法行为，并罚款1万元。
13.2017年1月10日，中科健康集团持股8%的参股公司“上海科院药房有限公司”因“违规发布保健食品广告”被上海市徐汇区市场监督管理局罚款9000元，并被责令停止发布。
14.2017年11月16日中科健康产业集团北京科技有限公司因销售不符合法定要求的产品被东城局警告。
16.2018年9月12日，中科健康产业集团股份有限公司深圳分公司因“保健食品违法行为”被深圳市市场稽查局罚款5000元，并没收违法所得和非法财物5000元。
17.2018年11月1日，中科健康产业集团股份有限公司广州分公司因“违反广告内容管理规定”而受到广州市越秀区工商行政管理局的行政处罚。
18.2018年11月1号，中科健康产业集团上海医药科技有限公司因逃避缴纳税款被国家税务局上海税务局第四稽查局罚款。
19.2019年8月15日中科健康产业集团北京科技有限公司因销售保健食品未按规定建立遵守查验制度被北京市东城区市场监督管理局给予警告处罚。
20.2019年10月15日中科健康产业集团股份有限公司因在经营活动中涉嫌有虚假宣传的不正当竞争行为被南京市市场监督管理局实施行政强制措施。
21.2020年9月15日中科健康集团深圳医药有限公司因保健食品虚假宣传，销售不符合食品安全标准的食品被深圳市场监督管理局罚款200000元。
22.2021年5月31日中科健康产业集团股份有限公司广州分公司因偷逃税被国家税务总局广州市税务局第一稽查局罚款。
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