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随着欧洲十字军东征，法蒂玛帝国与塞尔柱帝国被赶出了巴勒斯坦地区，并于1099年建立耶路撒冷王国。这时巴勒斯坦地区成了伊斯兰教与基督教争夺的圣地。公元1291年，埃及马木留克王朝的穆斯林军队消灭了耶路撒冷王国及所有的十字军，彻底占领了巴勒斯坦。1516年奥斯曼土耳其帝国征服了埃及马木留克王朝。从1516年直到第一次世界大战末，巴勒斯坦地区一直是奥斯曼土耳其帝国的一部分。

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第一次世界大战结束后，奥斯曼土耳其帝国崩溃，英国占领了巴勒斯坦。1920年巴勒斯坦地区正式成为英国的保护地区。

经过1700多年的世界流浪，分居在世界各地的犹太人倍受各国的歧视、羞辱、迫害，因此犹太复国运动方兴未艾。自19世纪末锡安主义兴起后，犹太复国推动者积极寻求各国的支持。1917年，英国政府发布《贝尔福宣言》宣布支持犹太复国运动。同时在巴勒斯坦地区推动多次邀请犹太人回归故土的运动，使得巴勒斯坦地区犹太人的比率不断升高。到1917年，犹太人约占巴勒斯坦地区人口的9%，持有的土地占巴勒斯坦地区土地总面积的2.5%。

然而从公元638年以来，巴勒斯坦地区就被阿拉伯人视为传统的领土。此时犹太人的大规模回归故土运动对当地阿拉伯居民造成严重伤害，他们认为犹太人侵占了他们居住1000多年的土地。因而以阿冲突事件随之升高。然而犹太复国运动已成不可阻挡的趋势，加上英国等西方国家的表态支持，以及第二次世界大战期间犹太人被屠杀600万人，使得美国也支持以色列建国，以更好地保护多灾多难的犹太人。

1947年在联合国的建议下，在巴勒斯坦地区将分别建立一个犹太国家和一个阿拉伯国家。1948年5月14日以色列国正式成立，这导致了第一次中东战争的爆发。尽管新成立的以色列国十分孱弱，但是在世界各地的犹太人的支援下，特别是在苏联的暗中支持下，以色列取得了第一次中东战争的胜利，以色列的建国之战以胜利告终。

由于阿拉伯各国不认同联合国对巴勒斯坦地区土地的划分比例，巴勒斯坦国并未同时建立。但是，巴勒斯坦解放组织成立后，阿拉伯国家联盟和联合国都将它视为巴勒斯坦人的合法的、唯一的代表。1988年11月15日，在阿尔及利亚首都阿尔及尔举行的巴勒斯坦全国委员会第19次特别会议通过《独立宣言》，宣布在巴勒斯坦土地上建立一个位于约旦河西岸及加沙地带、首都为耶路撒冷的巴勒斯坦国。巴勒斯坦国至今已与世界上100多个国家建立外交关系。1993年9月13日，巴勒斯坦解放组织和以色列相互承认各自的国家地位。

2007年6月12日至14日，巴勒斯坦解放组织法塔赫与哈马斯之间爆发冲突，造成巴勒斯坦国被分裂成两个政权——哈马斯控制加沙地区；巴勒斯坦解放组织法塔赫控制约旦河西岸地区。

2023年10月7日控制加沙地区的哈马斯约1500名武装人员突袭以色列，造成以色列大量无辜平民伤亡。随后，以色列对加沙地区的哈马斯进行了惨烈地、彻底地清除战争，哈马斯与以色列的战争到今天为止仍在进行中。