在战争年代或是和平年代的军队整风运动中，多少会伤及无辜。不过，一般都能很快被纠正，给受冤的干部平反。

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1964年7月，作为政治学院院长的莫文骅，在军队院校开展整风中，被上纲上线，最终遭到降职使用。

当时，上级派工作组进入学院展开工作，说他对军委的指示搞另一套。工作组下结论后，上报给林总，莫文骅被批“不知天高地厚”。于是，工作组像是拿到尚方宝剑一样，对他进行几个月的批斗。甚至把抗战时期，他在延安写的《红军第7军简史》翻出，挑毛病。

《红军第7军简史》是回顾红7军创建和发展的斗争历史，这是红7军座谈会上很多人的发言，加上搜集的材料，整理成的小册子。这本小册子没有发行，只是在内部传阅，然后就存档了。

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这本书只是参考资料而已，本身没有什么值得非议的地方，有人拿它大做文章，说小册子里有诽谤红7军领导的话。

此后，事情越来越上纲上线，在1965年，工作组宣布撤销他的院长职务。

当时的他内心有多苦楚，谁能知道？很多子虚乌有的问题，被拿来上纲上线。你实事求是讲问题，认为你在狡辩，说也不是，不说也不是。自己唯一能做的就是保留个人意见。

职务没有了，但不能平白无故受到不公正待遇。

自己并没有消极下去，而是在“四清”运动开始后，积极下去工作了。

1966年7月，被下放当福州军区担任副政委。从撤职到新工作安排，一年多时间过去了。

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7月份离开北京去福建，8月回北京，准备举家搬迁，被告知暂停。他的问题有了新发展，根据复查的结论，叶帅说：你的问题被平反了，不用去了。虽然问题解决了，职务没有着落，留在北京只能等结果。

1967年4月，在聂帅的提议下，上级让他官复原职。此时的莫文骅或许是伤心了，不愿意再去政治学院工作，找到总政部主任肖华，提出自己的想法。可他的命令已经得到毛主席的批准，肖华无能为力，只好服从安排。