谷氨酸发酵要求纯种培养，染菌是发酵工业的大问题必须引起重视，谷氨酸发酵虽然时间比较短，但因培养基营养丰富，并且PH中性;同时产品谷氨酸又没有抑菌能力，不像某些产品不要求纯种培养(如酵母，酒精);有些产品本身有抑菌能力(如抗菌素，酒精，溶剂):有些产品(柠檬酸)培养基PH酸性，不利于杂菌生长;有些产品不需要通气(丙酮、丁醇)，所以谷氨酸发酵无菌要求较高。
在引起染菌的各种因素中有些是比较容易发现的，如管路穿孔，阀门渗漏，空气过滤器不严等，一般通过采取加强技术管理和定期检修就可以防止。但有些因素比较复杂，目前还找不出原因，有待我们进一步做工作，大量积累生产数据，但不能就此得出“染菌难免论”;也不能因为有的罐批虽然染菌，但产酸仍高，就认为“染菌无妨”;也要避免要求设备高级，管道复杂的“染菌条件论”。首先要从思想上重视，按照无菌要求操作，否则轻则减少产量，重则引起倒罐，造成粮食浪费。染茵问题是完全可以解决的，“防重于治”，事前防止胜于事后挽救。
染菌的原因有哪些？
1.根据染菌类型:感染芽孢，在100℃下煮沸30分钟不死，是培养基消毒不透。感染无芽孢杆菌、球菌等不耐热菌，是由空气不严造成。感染淡绿色菌落(革兰氏染色阴性杆菌，球菌)来源是水，可能设备渗漏，冷却器穿孔。感染霉菌，一般无菌室灭菌不彻底或无菌操作不严。
2.发酵消毒前染菌，所染的是细菌芽孢，是培养基消毒不透。发酵前期染菌，可能接种操作、种子带菌，泡沫顶盖，补料操作等原因。后期染菌是空气过滤器不严。
3.决定罐中是否染菌，所取样品要前后有二只或二只以上染菌，并且菌落形态和镜检形态前后一致者，确定为染菌。
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