近年来， 随着发酵行业的迅速发展， 发酵技术、发酵装备不断发展更新，在发酵管理经验越来越丰富，技术手段越发成熟的情况下，各企业的发酵染菌率也明显下降，但染菌现象也时有发生，一旦疏忽大意，杂菌就会顺势入侵，造成染菌的后果十分严重，单批生产出现异常要尽快想办法解决， 否则，很容易出现连续染菌现象，不仅造成原材料的浪费，更是影响生产效率，费时费力，破坏生产计划、扰乱生产秩序，还会影响后道工序的提取、 影响成品外观及内在质量、增加三废处理难度，造成影响环境保护等危害。
生产上经常出现的染菌现象原因众多， 常见的染菌异常现象主要有菌体生长差、pH异常、溶氧异常、泡沫过多，菌体浓度异常等。究其原因，可以从配料和发酵两个大的方向去分析。 配料消毒不彻底造成的染菌， 可能是维持罐积累残渣没有清除彻底、考克堵塞、操作不当产生负压或设备骤冷造成回料、 空间消毒不彻底及喷射器温度控制不稳定等。 对种子、 发酵及流加糖连消系统的阀 门、维持罐压料阀、过滤罐、排污阀门及排空阀、进发酵转换阀及各处压垫进行及时检查， 对喷射器及维持罐进行定期的焦糖污垢处理， 对维持罐及配料罐进行定期的碱水清洗， 对换热器进行打压 等都能良好的控制染菌情况的发生， 从配料工序上杜绝染菌隐患。 发酵是生产上的重要环节，此乃重中之重，各种工艺参数纷繁复杂， 调控不好将影响后续工序的正常运转，然而发酵上的问题是最多的。
发酵染菌及噬菌体也是常见的， 以下对发酵常出现的问题，主要分发酵前期及中后期进行分析。
发酵前期异常现象及分析：
发酵前期温度过高、 生物素缺乏或者通风量太大会导致镜检时菌体不规则缺少八字排列，如果出现染杂菌现象可能与连消不彻底或者种子带杂菌有关。如果菌体不整齐还没有感染杂菌，则进行补加种子即可，但是如果有杂菌出现，则要及时重新消罐， 对培养及进行补充然后再接种。 前期 pH值上升并且耗氨量不增加可能是感染噬菌体或者菌种提前衰老，应进行及时排查，菌种老化及时补加菌种。
发酵中后期异常现象及分析： 发酵中期和后期染菌， 在排除种子带有杂菌原因后主要原因有空消、连消灭菌不彻底，存在死角，空气过滤器滤芯老化，冷却水水管渗漏、流加物料灭菌不彻底等。空消、连消管道设计十分严格， 罐内不能存在死角， 对焊接部位进行打磨处理也很重要。 空气过滤器滤芯要及时检查更换，进行灭菌。 出现问题，认真检修发酵罐内冷却水水管。 对于流加物料导致的严重染菌现象放罐前要进行适当的升温灭菌，然后降温放罐。 菌体的浓度用OD值来显示，一般感染噬菌体后OD的增长开始缓慢。
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