工业发酵需确保纯种发酵，所谓染菌，是指在纯种发酵培养基中侵入其他微生物。引起染菌的环节很多，在目前的科学技术条件下，还无法做到不染菌，发酵染菌的防治一直是发酵工厂的重要课题 ， 微生物法生产丙烯酰胺行业同样无法回避这个课题。 发酵工厂对染菌的对策是防重于治，在设备管道安装上尽量避免死角，同时建立健全、规范的技术操作规程，把工作做在前面，防患于未然，做到尽量防止染菌发生。而一旦发生染菌，则要尽可能找出染菌原因，采取有效措施，把发酵染菌造成的损失降低到最小 ，消除各种隐患，降低染菌率，对微生物法生产丙烯酰胺行业的染菌类型和原因进行细致分析。
腈水合酶发酵中，一般通过镜检或平板跟踪判断是否染菌，发生染菌后，一般从以下三个方面来分析原因。
1.从染菌时间看
腈水合酶发酵罐一般18小时取第一个样，以后每隔6小时取样，镜检发现染菌：如早期染菌，18小 时镜检发现染菌，一般有三个方面：种子带菌、培养基灭菌不彻底、设备问题。如中后期染菌，方向有 ：设备或阀门漏、操作不当、空气、补料等。
2.从染菌类型分析
芽孢杆菌：来源基本为培养基灭菌不彻底、设备存在死角。
无芽孢杆菌或球菌：来源一般是蒸汽冷凝水或空气。
格兰氏阴性菌或球菌：来源一般是水或设备渗漏。
霉菌：霉菌一般比较少，来源灭菌不彻底、操作不严。
3.大批发酵罐染菌和个别发酵罐染菌
大批发酵罐染菌，且染菌是同一种菌，一般来源是空气或种子带菌 。个别罐连续染菌基本由设备造成，如阀门渗漏、罐体渗漏、死角等，而造成个别罐偶然染菌的因素较多，要注意操作和设备细节。
和所有其他发酵行业一样，腈水合酶发酵生产中，尽管造成染菌的原因极其复杂，生产环节众多、 影响因素错综复杂，各工厂生产设备和生产环境又各不相同，但是实践证明，染菌是完全可以控制的。只要我们思想重视，工作和操作认真、仔细、负责，加强管理，建立必要的规章制度和操作规程，要树立防重于治的思想，操作严格、工艺和设备合理，重视各个工作环节，避免产生染菌的隐患，是能够防止或减少染菌的。一旦出现染菌，就要仔细分析造成染菌的原因，采取有效的措施，排除和消除各个环节中存在的问题，可以尽快克服和解决染菌，减少损失，同时降低生产染菌率，确保生产正常进行。
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