由于洁净厂房的建筑造价及工艺设备都比较昂贵，发生火灾带来的直接和间接的经济损失都十分惨重，因此建立行之有效的消防保障体系是洁净室建造和运行必须解决的重要问题。目前被广泛使用于洁净厂房的灭火设施有：室内外消火栓系统，自动喷水灭火系统和灭火器。另外，还应根据具体的条件和要求，有针对性地选用其他必要的消防设备，如气体灭火系统等。

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洁净厂房设置的室内、外消火栓系统应符合现行规范的要求。洁净厂房室、内外消防给水可采用高压、临时高压或低压给水系统，如采用高压或临时高压给水系统，管道的压力应保证用水量达到最大且水枪在任何建筑物的最高处时，水枪的充实水柱仍不小于 10m；如采取低压给水系统，管道的压力应保证灭火时最不利点消火栓的水压不小于 10 m 水柱（从地面算起）。洁净厂房的消火栓的设置尚应符合下列规定：

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1）洁净室（区）的生产层及上下技术夹层（不含不通行的技术夹层），应设置室内消火栓；
2）室内消火栓的用水量不应小于 10L/S，同时使用水枪数不应少于 2 支，水枪充实水柱不应小于 10m，每只水枪的出水量不应小于 5L/S。
3）洁净厂房室外消火栓的用水量不应小于 15L/S。