绝大多数工业发酵，无论是单菌发酵还是混合菌种发酵，除菌种以外的微生物都被视为杂菌。所谓染菌，是指在发酵培养基中侵入了有碍生产的其他微生物。几乎所有的发酵工业都有可能遭遇杂菌或噬菌体的污染。染菌轻者影响产率、产物提取率和产品质量；严重者造成“倒罐”，浪费大量原材料，造成严重的经济损失，而且扰乱生产秩序，破坏生产计划。遇到连续染菌，特别是在找不到染菌原因，又没有防治措施时，往往会影响人们的情绪和生产积极性，造成无法估量的损失。染菌对发酵产率、提取率、产品质量和三废治理等都有很大影响。因此，防止杂菌和噬菌体污染是保证发酵正常进行的关键之一。
全面分析染菌发生的不同时间对发酵的影响：
1、种子培养期染菌
种子培养主要是生长繁殖菌体，菌体浓度低，培养基营养丰富，比较容易染菌。种子培养期染菌，带进发酵罐中危害极大，应严格控制种子污染。当发现种子受污染应灭菌后弃去，并对种子罐、管道进行检查和彻底灭菌。
2、发酵前期染菌
发酵前期主要是菌体生长繁殖，代谢产物生成很少，此时容易染菌，污染后杂菌迅速繁殖，与生产菌争夺营养成分和氧气，严重干扰生产菌的生长繁殖和产物的生成，要特别防止发酵前期染菌。发酵前期染菌时，若营养成分消耗不多，应迅速重新灭菌，补充必要的营养成分(如果体积太大，可放出部分受污染发酵液)，重新接种发酵。
3、发酵中期染菌
发酵中期染菌将严重干扰生产菌的代谢，影响产物的生成。有的杂菌繁殖后产生酸性物质，使pH值下降，糖、氮消耗迅速，菌(丝)体自溶，发酵液发黏，产生大量泡沫，代谢产物的积累迅速减少或停止，有的已生成的产物也会被利用或破坏，有的发酵液发臭。发酵中期染菌，由于营养成分大量消耗，一般挽救处理困难，危害性很大，所以应尽力做到早发现、快处理。处理方法应根据各种发酵的特点和具体情况来决定。
4、发酵后期染菌
发酵后期产物积累较多，糖等营养物质即将耗尽。如果染菌量不太多，可继续进行发酵；如污染严重，破坏性较大，可以采取措施提前放罐。发酵后期染菌对不同产物的影响不同，如抗生素、柠檬酸发酵后期染菌影响不大，肌苷、肌苷酸和谷氨酸、赖氨酸等发酵后期染菌则会影响产物的产量、产物提取率和产品质量。
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