真菌是自然界存在的一种具有细胞核、产孢的、无叶绿体的真核生物，包含霉菌、酵母、蕈菌以及其他人类所熟知的菌菇类。为了对真菌的多样性、分布、演化、病原性以及与其他微生物相互作用关系等方面进行深入研究，提取真菌DNA就成为了研究过程中必不可少的一个环节，而对于真菌DNA提取，虽看似简单，但很多研究者并没有获得理想的实验结果，下面跟着小编一起来看下真菌DNA提取的难点和试剂盒的选择标准吧！
一、真菌DNA提取难点
l细胞壁绝大多数的真菌在营养生长阶段会长出可分枝的丝状体，即菌丝。不同于动物细胞，这些菌丝具有细胞壁结构，并且真菌的细胞壁比植物的细胞壁更厚、结构更复杂。其成分通常为纤维素、几丁质等复杂多样的化合物，显著增加了DNA提取的难度。若要充分溶解细胞壁以释放DNA，可采用液氮研磨的方法对真菌样本进行前处理或选择含有较强裂解能力的裂解酶，如Qiagen、BIOG等真菌DNA提取试剂盒中都具备这类裂解能力强的酶，可促进真菌细胞壁溶解，最大程度释放出DNA。
核酸降解酶真菌细胞中存在多种核酸降解酶，在细胞破裂后会迅速降解DNA，影响DNA的提取得率。因此，在提取过程中除了使用无菌无酶的实验仪器外，需尽量使实验步骤的衔接更加快速，以最大限度地减少核酸降解。
样本中的杂质一些真菌样本在采集过程中常常会带有其他微生物、植物残渣等混杂物，这些混杂物会干扰DNA提取的纯化过程，影响其提取质量；同时，由于真菌细胞中含有丰富的多糖和色素等物质，这些成分容易与DNA结合在一起，形成复合物，导致提取的DNA纯度和得率不高。
二、真菌DNA提取试剂的选择标准
1、真菌DNA提取浓度
真菌DNA提取的浓度是研究者最在意的结果指标之一，也是衡量真菌DNA提取试剂盒质量的重要标准。
黄曲霉菌是一种需氧型真菌，极易滋生于粮食、油料作物、干果类食品饲料中，在肉食奶制品中也发现过黄曲霉污染。由于其会产生有毒的黄曲霉毒素，这是一种有致癌性且有剧烈毒性的化合物，因此黄曲霉菌目前已被列为食品安全的重点检测对象。我们实验室以三份同样量的黄曲霉菌样本，分别使用Qiagen的DNeasy Plant Mini Kit、BIOG的细菌真菌DNA提取试剂盒以及国内某上市公司N的快速真菌DNA提取试剂盒进行了横向对比提取实验，实验结果如下图所示。从提取的浓度上来看，BIOG细菌真菌DNA提取试剂盒提取的浓度最高，为900.42ng/uL，Qiagen次之，为896.25ng/uL，两款试剂盒的提取效果几乎一致，无差异；而国内某上市公司N的提取试剂盒提取效果则要略微逊色，仅546.52ng/uL。说明BIOG和Qiagen试剂盒内的裂解液和裂解酶都具备较强的裂解能力，能充分裂解黄曲霉菌的细胞壁，将DNA彻底释放出来，再加上消化液对样本中的蛋白污染和DNA外层包裹的蛋白有很好的消化作用，使得黄曲霉菌的DNA提取得率有了显著的提升。
2、真菌DNA提取纯度
除了提取浓度，真菌DNA提取的纯度也是评价提取试剂的重要指标。因此，我们对上述三款试剂盒提取得黄曲霉菌DNA的纯度也进行了测定。一般通过OD260/OD280的比值来衡量，理想情况下，这个比值应该在1.7-1.9之间。根据这个标准来看，Qiagen和BIOG提取的DNA均符合纯度要求，说明两者都能对真菌样本中的色素、多糖、多酚等杂质污染进行最大程度的洗涤和去除。
3、性价比
综合上述三款真菌DNA提取试剂盒的提取效果来看，建议研究者选择Qiagen和BIOG品牌的试剂，无论是提取浓度还是纯度都能达到理想的实验结果，更有利于进行后续测序或PCR等试验。但Qiagen为进口品牌，试剂盒整体价格偏高，经费充足的实验室可选择该款试剂，想兼顾试剂提取性能和性价比的研究者，可选择BIOG品牌。
热门跟贴