傅连暲的父亲是码头挑夫，母亲是家庭主妇，家里很穷读不起书，只能在长汀教会圣亚诺医馆半工半读。穷人的孩子早当家，傅连暲学习非常刻苦，毕业后就留在长汀福音医院做医生。
1927年8月的一天，汀州一位地下党负责人拜会已是福音医院院长的傅连暲。告诉他，南昌起义的部队受到国民党的追击，恳求他救治起义部队伤员，傅连暲欣然同意。8月下旬，300多名伤员被送到福音医院。傅连暲刚病愈不久，他挺着虚弱的身体，每天做手术10几个小时，人手不足，母亲、妻子、12岁的女儿一起上阵看护伤员，这时的福音医院俨然成了南昌起义部队的战地医院。
这些伤员中，有一位传奇人物，他就是陈赓将军。当时陈赓还是一位营长，会昌战斗中腿骨被子弹打断，失血过多身体非常虚弱。按常规，像这样的伤势要想保住性命，只有截肢。陈赓对傅连暲说”我才二十几岁，这条腿没了，以后还怎么做军人！”。傅连暲为陈赓制定了一套保守疗法，每天弄来稀缺的鲜牛奶给他补充营养，精心治疗下陈赓终于保住了这条腿。
陈赓对傅连暲非常感激，直到晚年都要对夫人讲“每年八月十五，你一定到傅连暲家里，去看看他们。”
1929年3月14日，毛泽东、朱德率领红四军打下长汀县城，第二天便到福音医院看望傅连暲。傅连暲主动提出，为3000名红四军战士接种牛痘，防治当时流行恶疾“天花”。1931年，汀州成为有“红色小上海”之称的中央苏区重要经济中心，而福音医院是中央苏区最大的一所医院。
1932年，傅连暲在福音医院创办了中央革命根据地的第一所“中国工农红军看护学校”,两个月时间，傅连暲为看护学校培养了60名护理人员。1933年初，为躲避国民党对中苏区的”围剿”，毛泽东准备转移到瑞金，出发前他询问傅连暲的去留意向。傅连暲毫不犹豫的说“跟主席到瑞金去”，“那医院怎么办？”“搬到瑞金去”。
傅连暲把整个福音医院捐献给了红军，一百五十个挑夫历时半个月，把医院挑到瑞金，建立了中国共产党第一个中央苏维埃医院，这也是中国共产党历史上第一所正规医院。中央红色医院创立后，傅连暲为院长，并兼任中央红色医务学校校长。中央红色医院第一批接收80多名伤员住院治疗，这其中包括，红军总政治部主任王稼祥、红9军团政委蔡树潘、红12军军长伍中豪、方强等一批红军将领，在傅连暲的精心治疗下，全部痊愈出院。红色医院还肩负另一个重要任务，那就是为中央领导做好保健。
傅连暲在中央苏区赢得了很好的声誉，被称为红色“医圣”。
第五次反”围剿”的最后关头，毛泽东病倒，傅连暲听到消息后，焦急万分。傅连暲骑了一头骡子星夜赶程，走了一百八十多里山路后到达于都。这时，毛泽东高烧已41度，三天不吃不喝、腹胀、头痛咳嗽不止。傅连暲通过病情分析，断定毛主席患的是恶性疟疾。经过三天的精心治疗，主席体温终于正常，傅连暲这才松了一口气。主席退烧后的第一件事就是叫警卫员去买一只鸡，并嘱咐谁也不能吃，只给傅医生吃。多年以后，很多场合主席都说，是傅连暲救了他的命，是他的救命恩人。
1934年10月，由于未能打破敌人的第五次“围剿”，中央红军准备战略大转移。由于身体原因，党组织计划送傅连暲回汀州，傅连暲坚持跟中央红军一起转移。秋风萧瑟，多路红军集结于都河边，傅连暲带上八个医药箱，开始了艰苦而漫长的长征之路。
1938年9月7日，傅连暲加入中国共产党，实现了梦寐以求的夙愿。傅连暲说“从一个资产阶级知识分子，一个基督教徒到一名共产党员，中间有相当长的距离，而要走完这段路程，单靠个人的力量是不够的，是党和毛主席引导我，给我力量，使我终于走完了这段漫长的路程，跨进了无产阶级先锋队的行列。”
新中国成立后，傅连暲任中国人民解放军总后勤部卫生部第一副部长，中央人民政府卫生部副部长，1955年授予中将军衔，荣获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。"文革"期间遭到林彪反革命集团的残酷迫害，于1968年3月29日被迫害致死，终年74岁。
1975年，中央军委为傅连暲平反昭雪，恢复名誉。
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