1948年9月3纵攻下义县后，又随其他纵队攻打锦州。他们是从配水池和大疙瘩之间突破的。配水池原是锦州供水的处所，位于锦州城北的一个高地上，是一座钢筋水泥建筑。敌军将池内的水放掉，经过整修，使其成为一个非常坚固的堡垒。在其周围又修筑了明暗火力点几十个。明碉暗堡之间有交通壕。坡下有宽达3米的环形外壕，还设有倒打火力点。壕外是雷场，还埋上了电发火的航空炸弹。
大疙瘩原是古烽火台，千百年的风雨将其吹打成一个大土包，东北方言称之为大疙瘩。伪满时期，日军将其改造成钢筋水泥大地堡，顶层覆盖上两米厚的土，炮弹落上去只扬起一层尘土。敌军经过进一步加固，也将其构筑成一个独立防御体系。配水池与大疙瘩互成犄角，控制着锦义公路，成为锦州城北屏障。两处守军原是暂22师1团2连，成员却是从全团抽调的具有8年以上军龄的老兵。还配属一个重机枪连，一个战防炮排。
我军攻打锦州前，敌军又向配水池和大疙瘩增派了3个步兵连和一个火箭炮排，并下达了死命令：必须战至最后一个人。林彪在战前观察地形时专门来到这里，他对韩先楚道：这里是锦州的门户，不打下它就没有攻城制高点，就拿不下锦州。韩先楚把攻打配水池的任务交给了7师20团1营，把攻打大疙瘩的任务交给了8师24团3营。这两个营都是3纵的英雄部队。10月12日6时许，随着一声令下，大炮发出了怒吼，机枪喷吐出火舌，在强大火力的掩护下，冲击分队从各个方向朝着各自的目标冲去。7师20团1营率先发起了攻击，当他们接近配水池时，敌人的暗火力点和倒打火力点突然射出密集的子弹，1营正在冲锋的战士纷纷倒下，前进受阻。
国民党守军并没呆在工事里被动挨打，他们乘机展开了反扑。我1营不得不就地转入防御。这时，敌军的飞机赶来轰炸，城内的大炮也集中火力向我轰击。激烈的战斗从早晨一直打到黄昏，双方反复争夺，来回冲杀，杀得血流成河，杀得天昏地暗，20团1营发起最后一次攻击时，全营600多人只剩下26人了。而24团3营连续换上3个连，每个连都是伤亡过半。当日，配水池和大疙瘩未能攻下。在3纵司令部指挥所里，韩先楚面色严峻。他从东总的敌情通报中得悉：蒋介石在葫芦岛海面的军舰上直接指挥国民党军猛攻塔山，而在黑山一线，国民党廖耀湘兵团也在疯狂进攻，企图在黑山打开缺口，与东进部队汇合，解锦州之围。韩先楚知道，塔山和黑山阻援部队每一分钟都在流血牺牲，攻锦作战拖得越久，兄弟部队的牺牲会越大。
必须尽快攻下配水池和大疙瘩这两个要点！一向作战沉稳的韩先楚也有点着急了。天刚擦黑，他便带着参谋和警卫人员冒着敌人的炮火，向7师的指挥所奔去。途中，韩先楚的胃病突然发作，疼痛难忍，他捂着肚子蹲到了地上。警卫员小孙见状，背上韩先楚就要朝回跑。韩先楚一把拉住小孙的衣服，喝道：往哪去？回去！不行！到前面去！韩先楚一指前方。小孙只得背着韩先楚朝前方跑去。几个警卫员就是这样一路替换，硬是把韩先楚背到了7师指挥所。7师师长邓岳一见韩先楚上来了，吃了一惊，急忙说：韩司令，你怎么到我这来了？这是我们师指挥所的位置呀！
韩先楚大口地喘了几口气，有气无力地挥了下手，意思是我疼得没劲跟你说话，然后掏出望远镜观察前方大疙瘩据点的情况。邓岳急得又说一句：你把纵队指挥所安到我这里了，让我们师指挥所往哪里放？韩先楚头也不回，嘣出一句：你放哪里我不管，反正我就在这里了！邓岳不再嘟囔，喊一声：7师的都跟我走！他带着7师指挥所直接下到了20团，占了团的指挥所。那团指挥所呢，自然就下到营里去了。韩先楚就是这样，把他的部下一级级往下推，尽可能地推得靠前指挥。靠近了火线，韩先楚经过观察，判断出大疙瘩碉堡群后面有条交通壕，一直通向锦州城内，敌军的兵员和弹药补充就是靠着这条交通壕得以维持。韩先楚转身对作战参谋说道：马上给8师打电话，派一支部队从侧后插过去，到大疙瘩后面把交通壕截断。如果不是韩先楚发现了这条交通壕，派兵迅速地截断了它，大疙瘩据点仍将难以攻克，攻城作战将继续朝后拖延，流失的鲜血也会更多。韩先楚一手扭转了局面。13日，3纵终于攻下了配水池和大疙瘩。
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