一，概念上的区别

1，分子：分子是保持物质化学性质的最小粒子。例如，水分子保持了水能够与金属钠反应生成氢氧化钠和氢气、能在通电条件下分解为氢气和氧气等化学性质。也就是说，物质的化学性质是由分子体现出来的，分子一旦发生变化，物质的化学性质也随之改变。

2，原子：原子是化学变化中的最小粒子。在化学变化中，原子不能再分。例如，在氢气和氯气反应生成氯化氢的过程中，氢气分子和氯气分子破裂成氢原子和氯原子，氢原子和氯原子重新组合形成氯化氢分子。在这个反应里，原子的种类和数目都没有改变，只是重新组合，这体现了原子在化学变化中的不可分割性。

二，构成与结构的区别

1，分子的构成：分子是由原子构成的。这些原子可以是同种原子，如氧气分子是由两个氧原子构成；也可以是不同种原子，如二氧化碳分子是由一个碳原子和两个氧原子构成。分子内原子之间通过共价键结合，这种共价键是原子间通过共用电子对形成的相互作用。例如，在水分子中，氧原子和氢原子通过共用电子对结合在一起，使分子保持稳定的结构。

2，原子的结构：原子由原子核和核外电子构成。原子核位于原子的中心，带正电，它几乎集中了原子的全部质量。原子核又由质子和中子组成，质子带正电，中子不带电。核外电子带负电，在原子核外一定的空间范围内绕核高速运动。例如，一个碳原子，其原子核中有 6 个质子和 6 个中子，核外有 6 个电子在不同的轨道上绕核运动。

三，性质上的区别

1，化学性质方面：

分子：不同分子具有不同的化学性质。例如，甲烷分子能够燃烧，而二氧化碳分子通常情况下不能燃烧，反而可以用于灭火。这是因为分子的化学性质取决于分子的组成和结构，不同的原子组合和化学键类型导致了分子化学性质的差异。

原子：原子的化学性质主要取决于其最外层电子数。最外层电子数相同的原子，化学性质相似。例如，碱金属元素（如锂、钠、钾等）原子的最外层电子数都是 1，它们在化学变化中都容易失去最外层电子，表现出相似的化学性质，如都能与水剧烈反应。

2，物理性质方面：

分子：分子的物理性质包括分子的大小、形状、状态等。例如，不同分子的大小不同，相对分子质量大的分子通常体积也较大。分子的形状可以是多种多样的，如直线型（二氧化碳分子）、三角锥形（氨分子）等，这些形状会影响分子之间的相互作用，进而影响物质的物理性质，如熔点、沸点等。分子状态（固态、液态、气态）不同，物理性质也不同，这主要是因为分子间间隔不同，固态分子间间隔最小，气态分子间间隔最大。

原子：原子的物理性质主要是原子的大小、质量等。原子的半径大小因元素不同而不同，同一周期从左到右原子半径逐渐减小，同一主族从上到下原子半径逐渐增大。原子质量主要集中在原子核上，不同原子质量不同，质量数等于质子数与中子数之和，它可以用来近似表示原子的质量。