最近，外媒PCGamer报道了《半条命2》早期开发阶段的剧情和设计变动。编剧Marc Laidlaw透露，游戏的初期构思与最终版本有显著不同，尤其是与《半条命》第一部中的黑山研究所（Black Mesa）联系不大。原本的剧情设定中，地球将面临多个外星种族的入侵，其中蚁狮（Antlion）将扮演更为重要的角色。

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工程师David Speyrer进一步透露，初期版本的《半条命2》设想了三种外星种族：战士外星人、昆虫外星人和间谍外星人。游戏中的城市也有大幅度调整，一开始的构思包括一座类似布拉格的城市，后来这一城市成为了我们熟悉的17号城市。

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关卡设计师David Riller回忆道：“我们最初的设想非常雄心勃勃，设计了四个主要城市——布拉格、耶路撒冷、芝加哥和洛杉矶，还有极地基地、水下基地、破冰船等内容。甚至有一个飞机撞楼的场景，但在9/11事件发生后，这一场景被取消了。”此外，早期版本还设想了荒原中的联合军基地、火车站等多个重要场景。

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这些构思虽充满创意，但最终未能成为《半条命2》的正式内容。据开发团队回忆，Valve的老板“G胖”经常问：“这怎么还是《半条命》？”这让原计划中的许多设计最终被舍弃，游戏的方向逐渐明确，最终成就了我们今天所熟知的《半条命2》。