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岛内各党派内部派系林立这是一大特点，不论民进党还是国民党，内部派系斗争十分激烈。百年大党国民党之所以沦落到这个地步，核心原因就是每到关键时刻内讧的结果。但由于民众党是新成立的党派，而且是柯文哲一人说了算的“一人党”，所以内部派系不是太明显。虽然有黄珊珊和蔡璧如等派系斗争，但比较而言，没有对民众党本身造成较大伤害。

就是民众党主席柯文哲被羁押禁见后，民众党在黄国昌的带领下与民进党当局对抗，也表现出了比较团结的氛围。

但是，随着柯文哲案出现不利于柯文哲的态势，民众党内突然出现不同声音，甚至开始内斗。

日前，民众党创党元老朱蕙蓉自曝，她已以证人身份被北检传唤，朱蕙蓉称，检方手上证据非常多、非常齐全，是从民众党成立查到现在，资料都有，让她惊讶又伤心；朱蕙蓉还称，作证时她曾反问检方，柯文哲是从什么时候变了？结果检方告诉她“更恐怖的事”，让她惊呼“（柯文哲）就是死定了”。

岛内资深媒体人陈东豪称，柯文哲选前最后一天号召小草扫二维码捐款，最后款项却到了木可公司，陈东豪说，“朱蕙蓉讲的那句话是对的，这个坑是自己（柯文哲）挖的”；陈东豪进一步指出，最后1月12日那天，柯文哲要大家捐200元，2月的时候柯文哲自己讲的，在那12小时就收到4000万，有20万人次在12小时内捐给你4000万，那是多高的期待，结果你搞了哪些飞机？。

因为朱蕙蓉在多个政论节目透露部分问讯内容，民众党随即发出新闻稿驳斥，称朱蕙蓉所言完全是子虚乌有的造谣。

朱蕙蓉透露，自己收到民众党寄送、指她涉及违反纪律，要求她到“中评会”说明的简讯。

朱蕙蓉在脸书上发文表示，“台湾民众党目前果然是一言堂，完全没有党纪的党”，“一言堂、这才是政治迫害”，并放话，在“中评会”公开所有本人质疑之相关资讯前，本人拒绝出席非法的“中评会”说明会议。若“中评会”仍恣意妄为，本人朱蕙蓉与杨行昌将于“中评会”开除前，自行退党！

因为柯文哲之前一直高调标榜“清廉”形象，但朱蕙蓉在被传唤期间得到了柯文哲贪腐的相关信息，也看到了柯文哲面具后面的真相，由于落差太大，导致民众党创党元老也对民众党和柯文哲大失所望。由此可见，民众党不但已开始内斗，走向没落也将成为必然。