1、 硅胶键合相的稳定性
通常正相键合相的稳定性要低于反相键合相，反相键合硅胶的稳定性与使用流动相的pH值相关，一般水溶液的pH应保持在2-8之间，pH>8.5会引起基体硅胶的溶解。为解决这一问题，多个品牌色谱柱供货商专门开发了能在高pH条件下使用的硅胶色谱柱，这种硅胶基质大都以杂化为主，机械强度要远远高于普通硅胶，性能优越，耐酸、耐碱、耐高温。
硅胶中的残留硅醇基会对色谱分离产生不良影响，经常会造成峰型差、拖尾，各个品牌商也是八仙过海各显神通，对硅羟基进行各种修饰，衍生出系列的柱子，这种柱子稳定性要优于一般的柱子，使用效果更好。
2、 键合相色谱分离的重现性
分析方法开发时，色谱柱很重要的一个性能，就是色谱分离行为的重现性，包括目标峰的保留时间、理论塔板数、半峰宽等；商业化的色谱柱更注重这一点，色谱柱重现性是否优秀，直接影响到色谱柱使用者对色谱柱的评价，当然也有不靠谱的供货商，本人在使用某品牌柱子时，相同批次间色谱柱重现性较好，不同批次间的色谱柱会有多多少少的差异，比如保留时间、柱效等。
3、 键合相色谱分离的选择性
柱子的选择性因为很多原因显得尤为重要，不同品牌柱子石英砂的取样地点不同，导致硅胶基质不一致，加上后续色谱柱填料工艺的差异（含碳量不同），即使相同类型的色谱柱，在相同的色谱条件下，对某些物质的保留及性能也会有一些不同，例如我们在进行一原料药方法开发时，通过更换两款不同牌子的ODS（十八烷基键合硅胶）色谱柱进行耐用性考察，出现起始物料与中间体出峰顺序不一致的情况，跟供货商沟通后，确定这两款柱子都是最普通的ODS色谱柱（硅羟基与C18烷基链键合，硅胶未进行任何修饰），出峰顺序原因只能归结到砂子或含碳量不同。
方法建立期间有必要改选柱子来提高选择性和增加分离度，为实际检测柱子的使用提供数据支持。
4、 键合相色谱柱的再生
使用键合相色谱柱时，由于大量极性或非极性样品的连续注入，会引起固定相对样品的吸附、缔合等不良效应，使柱分离性能变差，引起峰形加宽或拖尾等现象，此时应及时对色谱柱进行再生处理。对正相键合柱可用1：1甲醇氯仿流动相来进行再生，对反相键合柱可用甲醇流动相再生，若效果不好，可使用丙酮、二甲基甲酰胺或约0.01mol/L无机酸水溶液进行再生。
总之要做好方法开发，对色谱柱的维护不可缺少，会延长色谱柱的使用寿命降低运行成本。
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