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摘要
工作这么些年来,在给客户做科研项目的过程中,我们发现了越来越多的不符合预期的实验结果。在一次次的重复后,仍然保持阴性的结果着实让人崩溃。怎么办?改优化一下数据?
多层生物分子网络级联失效过程的示意图【1】
除了“优化”数据,我们还能怎么做?
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1. 实验条件重新筛选,同时多做几次,确定结果是可重复的!
实验条件的筛选,常见的作用浓度、作用时间、处理方式的先后顺序等等都要仔细摸索一番,打好扎实基础才能有更靠谱的科研!
经常遇到客户抱怨说实验结果跟预测的不一样,然后跟别人文献中的结果也不一样,甚至相反。但当我问他重复几次的时候,结果告诉我没重复,这种情况还说个锤子?只能多次重复后再说了!
2. 分析原因,根据具体情况解释当下的结果,并设计下一步的验证。
以近期帮客户做的一个中性粒细胞胞外诱捕网(neutrophil extracellular traps, NETs)相关的研究为例,肿瘤复发患者血液样本中中性粒细胞的citH3(NETs标记物之一)水平显著低于非复发样本。根据文献,肿瘤化疗耐药样本中NETs水平更高,我们推测复发患者血液中citH3水平应该会高于非复发样本中的,但结果却是相反的。这里的原因可能有两个:① 患者样本量太少,一组才3个生物学重复,异质性太大,需要进一步扩大样本量再测;② 血液中NETs水平确实是高的,但不等于血液中中性粒细胞中的citH3蛋白水平就高,因为NETs可以来自于suicidal NETosis,即细胞形态已瓦解,NETs已完全释放。此时,我们需要采用ELISA试剂盒直接检测血浆中NETs。
3. 若结果稳定可重复,但不符合此前假说机制,怎么办?
科研本身就是一个去伪存真、不断筛选、不断论证的过程,而且不符合预期才是主旋律!只有否定了ABCDE...,最终才能得出Z是正确的。但凡看到那种推一个结论,就可以验证出一个结论的文章,都可以给它贴上存疑的标签了。那如何提出新的假说机制呢?下面的一些系统上的调控机制值得大家仔细阅读一番,说不定就可以套用到你的假说上。
生物学中的系统调控机制
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以下内容由GPT-4生成
调控机制定义特征分子生物学案例反馈控制(Feedback Control) 依赖系统输出的变化来调节输入,从而达到稳定状态。根据输出信息,系统能够纠正自身的偏差。 反馈控制依赖于输出变化,是一种被动调控机制。 负反馈:体内胰岛素调节血糖水平,血糖升高时促进胰岛素分泌,降低血糖。 可分为正反馈(促进)和负反馈(抑制)。 正反馈:血液凝固过程中,凝血因子活化的正反馈循环。 常用于维持系统稳定性,如体内稳态。
前馈控制(Feedforward Control) 不依赖于输出变化,而是通过预测外部输入或环境变化来预先调整系统,从而预防偏差。 前馈控制是一种主动调控机制,基于预测信息。 基因调控网络:在乳糖操纵子中,葡萄糖通过CRP抑制Lac操纵子,实现对乳糖代谢基因的前馈调控。 可加快响应速度,但对模型准确性要求高。
常用于基因调控网络中的前馈回路。
开环控制(Open-loop Control) 系统按照预设的输入执行任务,不对输出进行调整或反馈。 开环控制不依赖反馈,适用于简单系统。 信号传导:细胞凋亡中的级联反应(caspase激活),一旦启动过程基本不依赖反馈调节。 对扰动的适应性差,不适用于复杂环境。
闭环控制(Closed-loop Control) 闭环控制是利用反馈信息对系统进行调节的控制机制。系统会监测输出,并将其与目标值进行比较,然后调整输入以减少偏差,达到稳定输出。 闭环控制依赖反馈信息,是一种动态调节机制。 血糖调节:胰岛素和胰高血糖素共同作用,维持血糖水平在稳定范围内。 可提高系统的准确性和稳定性。 体温调节:通过汗液分泌和肌肉震颤,调整身体散热和产热以保持体温稳定。 常用于复杂系统中,能够自动修正偏差。
自适应控制(Adaptive Control) 系统能够根据环境或内部状态的变化自动调整调控策略,以应对不确定性。 自适应控制结合反馈和前馈机制,增强系统灵活性。 免疫系统:适应性免疫反应,通过B细胞和T细胞识别和适应外来抗原。 常用于发育过程中基因表达的调节。
滞后控制(Lag Control) 系统在响应输入变化时存在一定延迟,通常用于提供缓冲效果以避免过快反应。 滞后控制常用于生态和生物系统,避免振荡。 激素分泌:压力下的肾上腺素释放,需一定时间激活心率和代谢反应。 强调反应的时机而非速度。
随机控制(Stochastic Control) 考虑系统内随机性和不确定性的控制机制,通过概率因素调节策略。 随机控制适用于具有随机扰动的环境。 基因表达:在细菌中的随机基因表达噪声,使其在不同环境中生存具有多样性。 常见于神经网络和基因表达中的随机噪声调控。
鲁棒控制(Robust Control) 确保系统在不确定性和扰动条件下仍能保持性能稳定的控制策略。 鲁棒控制关注系统对参数变化的敏感性。 蛋白质折叠:分子伴侣蛋白帮助确保蛋白质在不同细胞应激条件下正确折叠。 适用于需要高稳定性的系统,如免疫系统。
分级控制(Hierarchical Control) 将系统分为多个层次,每层负责不同范围或功能的调控。 分级控制在复杂系统中提供结构化管理。 神经系统:中枢神经系统与周围神经系统之间的分工协作。 各层次间可能存在反馈和前馈交互。
协同控制(Synergistic Control) 强调系统内部不同组件的合作,以实现整体功能优化。 协同控制适用于复杂生物系统中多元调控。 代谢通路:糖酵解与三羧酸循环协同运作,优化能量生成。 强调系统各部分的互动和整合。
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