2025年12月31日，台湾“高等法院”对蔡正元所涉的“三中案”作出了终审判决，维持一审的3年6个月刑期判决。法院判决其罪名是业务侵占，认定他侵占了阿波罗公司公款。

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​​20年前马英九托付蔡正元处理国民党党产，他买下无人敢接的台湾“中影”公司以解国民党财务困境，接手后却发现公司亏空7亿多新台币，还背负30多亿银行贷款。为避免公司倒闭，蔡正元自筹资金补窟窿并扛下7亿多债务，期间通过自己全资控股的阿波罗公司调度资金，后曾挪用该公司款项支付房款 。

​​此事在马英九执政时期曾两度不起诉。但到蔡英文当政的2017年，台北地检署突然重启调查，而当时的检察长是蔡英文亲信。蔡正元透露，检察官讯问时曾利诱他指证马英九贱卖党产给自己，只要照做就能脱罪，可他坚决拒绝。

​​2021年该案一审，5名被告中仅蔡正元被判有罪 。二审时检方仍以他从阿波罗公司调钱为由定罪，但是阿波罗公司是蔡正元一人的独资公司，股东只有他一个人，公司完全属于蔡正元一人所有。台湾法院认定蔡正元的调钱行为属借贷性质，属于挪用公款，真是欲加之罪何患无辞。

​蔡正元今年4月赴大陆20多次，都被台湾法院被要求佩戴电子脚镣，这明显是民进党针对性的打压，因为他经常批评民进党，案件判决存在明显的政治博弈色彩，而他始终表示不会向民进党屈服。