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InDraw 如何预测 pKa？预测得准吗？
据统计，超过70%的上市药物分子含有可离子化的官能团。pKa直接影响分子的溶解度、脂水分配系数、跨膜通透性（Permeability）以及与靶点蛋白的结合模式，是药物研发中的“灵魂参数”。 InDraw预测 pKa的具体步骤：在画布中选中一个结构式（最好是含有可电离氢的化合物，如羧酸、胺等）。点击顶部【计算】→ 【pKa 预测】。计算结果直接显示在画布上：每个可电离位置会标注“位置序号: pKa 数值”。同时还会给出一个“宏观 pKa”，表示整个分子综合的电离常数。如果是碱性分子，InDraw 会自动预测其共轭酸的 pKa。交互式位点标注：不仅给出数值，还能在分子结构上直观标注酸性/碱性位点，并根据强度进行颜色区分。这种直观的视觉反馈，能极大地辅助化学家快速进行取代基修饰。微观粒子分布曲线：一键生成分子在pH 0-14 范围内的电荷状态分布图。这对于制药工艺设计、制剂处方前研究（Pre-formulation）具有至关重要的指导价值。 InDraw超越 Marvin等行业标杆，盲测平均绝对误差（MAE ）仅 0.55 InDraw 的 pKa 预测算法经过大量已知化合物校准，对于常见官能团（羧酸、酚、胺、含氮杂环等）准确度较高，超越 Marvin等行业标杆，盲测平均绝对误差（MAE ）仅 0.55。注：ADCLab作为行业标准的原因:制药工业公认的金标准，是很多企业 ELN/ADME 系统的默认工具，表格里它在 SAMPL6 上的 MAE=0.55 就是证明。 ADC Lab仅有SAMPL6的MAE的原因:ACD/Labs 作为商业软件，很多时候不会主动参与公开挑战，因此仅在少数公开评测(如 SAMPL6)中有明确的可引用数据;Novartis 这类工业数据集的完整测试结果，通常只在企业内部报告或第三方对比论文中出现，不会随公开论文发布。其他的数据来自网络参考值。物理计算的准确度，来自于网络参考值。温馨提示：pKa 预测适合快速筛选或初步设计参考，不能完全替代实际测量。在药物化学或有机合成中，先用 InDraw 快速预测，挑出 pKa 在理想范围内的候选结构，再对最终几个化合物做实测，能大幅节省时间。

天天杂谈

批量从 SMILES 获取结构如何通过 InDraw 实现？
批量处理SMILES 需要使用 InDraw for Excel功能，安装 InDraw for Excel插件后会在 Excel 中生成加载项，非常适合处理几十甚至上百个、上千个结构。具体操作步骤：在（开发）工具中的COM加载项中将下载好的插件添加到wps 表格或excel中，Excel 中出现InDraw for excel 选项卡。打开Excel，在某一列中粘贴好一列 SMILES（每个单元格一个 SMILES，不要有空格或空行）。选中这一列的所有SMILES 单元格。点击 Excel 顶部 InDraw 加载项中的“Conversion” → 选择 “Get Structure - From SMILES”。Excel系统会在选中列的右侧新列中，依次生成对应的结构式图片。如果您希望生成可双击重新编辑的结构式，请选择“From SMILES (Editable)”。注意事项：批量处理需要联网，因为涉及结构转换计算。免费版InDraw 不支持批量 SMILES 导入，需要升级企业版或申请试用。如果某个SMILES 无效，对应单元格会留空或显示错误提示，不影响其他行的生成。 #晒晒打工人的作息时间#

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