近日，中国农业大学、丹麦奥胡斯大学以及南京农业大学等单位的研究人员在Nature Communications期刊发表题为“Egg-laying ChickenGTEx resource deciphers context-specific regulatory effects on fertility traits”的研究成果。中国农业大学已毕业博士生、现丹麦奥胡斯大学博士后朱迪与南京农业大学史凯博士为本文共同第一作者。中国农业大学胡晓湘教授、丹麦奥胡斯大学房灵昭副教授以及南京农业大学冯春刚教授为本文共同通讯作者。

产蛋性状（如开产日龄、产蛋数等）是蛋鸡育种中最重要、也最典型的复杂性状之一，其遗传基础往往涉及多组织、多通路与多时间尺度的共同作用。母鸡群体产蛋周期通常可分为产蛋前期、产蛋高峰期与产蛋后期，不同阶段在内分泌调控与生殖轴组织功能上呈现显著差异，但相关组织在不同产蛋阶段的基因表达与遗传调控如何动态变化，长期缺乏系统性解析。另一关键挑战是大量与繁殖相关的遗传关联位点位于基因组的非编码区，虽然提示我们调控突变在其中发挥的重要功能，但目前仍缺少专注于母鸡产蛋性状的“遗传变异—分子表型—复杂性状”的可解释链条，难以精准锁定候选基因与作用组织和产蛋阶段。为此，研究构建了具备统一采样设计、配对基因组信息与多组织转录组数据的GTEx（Genotype-Tissue Expression）资源，并在产蛋阶段这一关键生物学上下文中开展分层调控解析，明确了124个重要候选基因以及其发挥功能的组织、产蛋阶段，为育种标记开发与功能验证提供了系统化参考。同时研究揭示了繁殖性状调控机制在鸟类和哺乳动物间跨物种的保守性。

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鸡产蛋阶段GTEx项目流程示意图