三国时期，合肥是军事要地与襄阳、祁山并称，魏明帝总结称:“先帝东置合肥，南守襄阳，西固祁山，贼来辄破砖三城之下者，地有所必争也”。正如清人顾祖禹在《读史方舆纪要》中说，合肥“
为淮右噤喉，江南唇齿。自大江而北出，得合肥，则可以西问申、蔡，北向徐、寿，而争胜于中原；中原得合肥，则扼江南之吭而拊其背矣
”。或许也正是因为军事意义突显，合肥的经济功能更是渐次弱化。
“八王之乱”时期，乱军控制漕运主干道（邗沟、鸿沟、汴水），洛阳“仓廪空虚”。西晋朝廷恢复江淮通道，将设于扬州的广陵度支迁至合肥，南方米谷经濡须口、巢湖等至合肥周转北上抵洛阳。
东晋南北朝分裂时代，南北政权以长江为界，江淮一带成为战争拉锯地带。在东晋时期，为了安置北方流民，曾在南方侨置州、郡、县，合肥则被侨置为豫州汝阴郡，南朝基本沿袭，略有更易。
此一时期的合肥与三国时期相同，仍是江淮地区的战略中心城市，城市功能中军事功能为主导，“晋室既东，元帝以祖逖镇合肥，于是又为重镇。大兴二年秋七月，又以戴渊为征西将军，督六州，镇合肥。自是梁陈皆用为镇以距北虏者，凡五代”。
南北朝时期刘宋与北魏对峙格局
东晋及其后的宋齐梁陈均以合肥为江北军事重镇，正是因为军事功能成为合肥城市的绝对主导功能，这座昔日商业都会完全沦为军事堡垒和营寨城。南朝梁太清元年（547年）七月，改设合州于汝阴（今合肥）。太清二年（548年），合州被东魏占领。东魏及北齐初，仍为合州，陈、北周仍旧制。
隋统一全国后，将今日安徽区域划分为沿江、江淮、淮北三大区，淮北诸郡属河南总管府，连接中原河洛地区；江南则建新安郡、宣城郡；江淮之间建置庐州，属扬州总管府。这一行政变革，一直影响到今天，体现了安徽省域内淮北、江南、江淮三大区的特征。
隋文帝时期，全国地方行政为州县两级。北周旧城合州被改为庐州，扩其疆域，辖领合肥、襄安、庐江等7县。大业三年(607年)四月，改二级行政建制为三级建制，即州、郡、县，改庐州为庐江郡，郡治合肥，为二级行政区治所。
隋代的庐州或庐江郡的行政范围包括今天的合肥及其西部的六安等，从此以后，合肥开始拥有一个完整的行政区划，合肥作为其政治中心，自隋以降直至清末，庐州行政范围的核心区域一直较为稳定。唐朝武德三年（620年），唐朝废除郡级建置，又改庐江郡为庐州，仍治合肥县。
唐朝时期庐州属淮南道
贞观元年（627年），唐廷因山川形便，设天下十道，庐州属淮南道。至于唐代，汉末刘馥所建合肥城早已破败，而满宠所建新城其规模和位置均不可能承担州治的治民之所的功能。所以，唐贞观年间重建合肥城，主持工程建设的是唐右武侯大将军尉迟敬德。唐代重修的合肥城位于时雍门西，即合肥小东门一带。据《嘉庆合肥县志》记载，“今南半城，名金斗城。······盖汉城既坏，改筑土城于今所。”
盛唐时期，庐州为南北交通要冲，“开元中，江淮间人走崤、函，合肥、寿春为中道”。安史之乱后，唐廷对东南地区的财赋形成很大依赖，庐州“郡米数万石输扬州”，再由运河输送到东西两京。隋唐时的合肥是贸易枢纽，其贸易数量之大，品种之多，均为江淮地区各邑之首。
庐州本身的手工业也很发达，据《唐六典》记载，当时庐州所产的布、火麻的质量在全国名列前茅，反映了纺织手工业的普遍发展。在采矿业方面，庐州下属的庐江产铜，矿冶业很发达。商业发达，形成了繁荣的市镇。在金斗城北门外的金斗河两岸以及南门外围绕同食馆区域均形成了较为兴旺的场所，金斗河两岸尤甚，发展成为经济繁荣的集镇。
唐末乱世，庐州人杨行密成为割据江淮的庞大势力。天复二年(902年)三月，唐封杨行密为吴王，杨行密先都庐州，后改都扬州，但以庐州为一级行政区淮南节镇首府，后为德胜军节镇首府，又称庐州节度使。南唐代吴(937年)后仍为德胜军节镇首府。合肥为后周所据之后，改为保信军节镇首府。
五代十国时期的合肥为南方政权在江北的防御重地，也是北方政权南进的军事重镇。由于杨吴、南唐政权的休养生息、保境安民的治理政策，合肥在五代时期虽处于江北前线地带，城市经济却依然保持了发展态势。
隋朝大运河路线图
北宋至道五年(997年)，庐州改属淮南路，熙宁五年(1072年)改属淮南西路。合肥在这一时期均为二级行政区庐州州治。北宋合肥延续了唐代的城市地位和经济发展，具备和唐代相类似的城市形态。
原唐代淮南道辖区在北宋被划分为淮南东路和淮南西路两个行政区，但其依然是中原王朝的主要财赋供应地。庐州所处的淮南西道经济发达，“当今天下根本在于江淮，天下无江淮不能以足用，江淮无天下自可以为国”。
金灭北宋之后，赵氏南迁。庐州仍为淮南西路辖区，合肥是淮南西路治所并兼庐州州治。迫于金朝的军事威胁，淮南地区又成争夺激烈的军事对峙区，合肥遂成淮西路军事重镇，“淮海之郡，庐为大。地大以要，庐为淮西根本。合肥号金斗，江北恃为唇齿，亦一都会。地有所必争。赴巢湖，控涡、颖”。
为了更好地扼守合肥，南宋乾道五年（1169年），宋淮西路元帅郭振原唐代金斗城基础上扩建城池，“拓其北，跨河为城，名曰斗梁城”。郭振拓城，是将唐代金斗城大体沿东西方向截半，保留了原北半城，舍弃南半城，再向北扩城，将金斗河(即施水流经合肥市的一段)包入城中，成为内河。
被人忘却的金斗城
元灭南宋之后，合肥行政区域没有很大变化。至元十三年(1276年)，庐州属江淮行省淮西道宣慰司，为淮西路首府。至元十五年(1278年)升庐州为路，仍属江淮行省淮西道。至元二十八年(1291年)庐州路改属河南行省淮西江北道。
然而，元代政治和经济中心的进一步东移和交通的变革，在很大程度上弱化了合肥的区域地位。
元代之后的运河，并非如同唐宋一样多枝形发展，能够将中原地区、中部地区以及东部地区、江南地区均较为紧密地联系起来是，而是呈一种南北向单一主干式线形发展，且仅局限于东部地区，联系政治中心大都和经济重心江南地区，合肥所在的中西部地区则被置于运河交通线之外。
此外，元代大兴海运，起自上海终于直沽（天津一带），合肥更远离海运线路。从全国陆运交通格局看，自北京南行往江南的主要陆路交通线东移，为经山东、淮东南下至江南，合肥也距离此路线较远。
交通地位的弱化预示着经济即将到来的没落。
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