张三丰的武当派究竟和全真教有什么关系，要说清这个问题就要先了解一点道教和部分流派历史及传说，说实话，我看了一些资料后对于道教还是没有完全搞明白，只说一些能看明白的。
首先，道教最先开始出现是东汉时的五斗米道和太平道，五斗米道是道教四大天师之一的张道陵所创，也叫天师道或正一道，和香港僵尸电影里经常出现的茅山道士同属符箓派。

而全真教和张三丰的武当派（武当山上并没有一个统一的武当派，而且张三丰本人并没有创立任何门派，只有他的传人创立的三丰派、自然派之类的）同属于道教的另一重要流派：内丹派，这也是当下很多网络修真小说的理论根据源头。内丹派的分类相对于符箓派比较乱，例如百度上搜索“丹经”这一条目时可以看到有一句话：“我们经常可以看到全真南宗这样的提法，但实际上所谓金丹南宗，跟全真教是没有多大关系的”。

在内丹派中，王重阳的全真教是属于北宗，金庸小说里的全真七子就是道教历史上内丹北宗的“北七真”，而内丹南宗自紫阳真人张伯端始，这位真人在《西游记》观音坐骑金毛犼那一集里出现过，张伯端—石泰—薛道光—陈楠—白玉蟾是为南宗五祖。请注意，张伯端是公元987—1082北宋时期人，而王重阳是1112年—1170年，宋朝是在1127年的靖康之耻后南渡开始了南宋时期。

全真教曾经很兴盛，看过历史的都知道，全真教在历史上其实没有小说里那么愤青，反而和金国、蒙古上层统治者关系很好，全真教的教规是道士必须出家，有宫观制度，全真教的修炼主旨是清静无为，去情去欲，不娶妻，不茹荤，不饮酒，静坐苦修，而达到返本还真，得道成仙。而南宗是不提倡出家的，张伯端就不是出家的道士，南宗既有和北宗一样的清净修炼之法，也有男女双修之法，但是南宗五祖是属于清修派的。

内丹派的修炼讲究“性命双修”最终以体内结成内丹为成功，修炼只有四个阶段：炼精化气、炼气化神、炼神还虚和炼虚合道，没有网络小说里那些乱七八糟的那么多“期”。通俗一点讲，“性”是指元神，命是指寿命

张三丰的内丹学说偏重于南宗，而且是既讲清修也讲双修，也有人说张三丰是融合南北两宗于一炉，自成一派。南宗北宗的修炼究竟有什么区别呢？南宗重命北宗重性，所谓重性就是一开始就以元神为修炼内容；南宗则认为人身脆弱，生老病死随时来临，所以要先练命功以保证有足够的寿命来修炼。所以南宗都比较长寿，能活百岁毫不见怪，张三丰更是以长寿著名，而北宗例如王重阳和北七真寿命多是六七十岁左右，放到同时代大部分人来说，在当时的条件下六七十也不算短命，但是和南宗一比就差得多了。

但是不管南宗北宗，实际上都兼修性命，只是在先后、主次以及下手功夫上有所区别而已，终极目标都是结成内丹成就元神炼虚合道。当然，现代也有人提出说南宗北宗没有区别，只是后人对这二宗所用的内丹术语概念涵义误解而已。

历史上全真教到了1258年因为与佛教关于《老子化胡经》的辩论失败进入了低谷期，这时出于道教本身发展的需要和政治上的需要，才发生了南宗北宗的合流，因为南宗原本就不像北宗那样注重修炼之外的世俗事务，南宗相对北宗来说更注重内丹学的理论研究，所以北宗势大，造成了北宗合并了南宗。

推动了南北宗合流这一事业的道士叫陈致虚，他本属南宗、却认北宗为正统，成为了南、北二宗合并之中介与积极推动者，他将全真教祖师王重阳刘海蟾并列（同师承吕洞宾），而把南宗尊奉的张伯端等南五祖作为王重阳的晚辈，显然含有抬高全真、贬降南宗之意。这种排列其实是向当时全真势强、南宗势弱的现实妥协的结果，也符合元代皇帝早已封王玄甫、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳为“真君”、“帝君”的“皇命”，因而后为南北二宗人所接受，成为二宗合并后共祀祖师的基础。可见陈致虚对南北二宗的合并作用颇大。

在张伯端之前内丹派著名的人物有王玄甫、钟离权、吕洞宾，王玄甫这个名字很多人可能不知道，他是道教的东华帝君，钟离权和吕洞宾大家应该都知道，不管南宗北宗，内丹派的修炼基本都不出于钟吕丹道派的范畴，全真教奉王玄甫、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、 王重阳为北五祖，而南宗其实是从白玉蟾开始才正式形成了宗派社团。

南宗北宗的分别还是比较清楚地，只是出于某些原因，南宗才被划分到全真，但是南宗依然是南宗，和北宗是互不统属的派系，南北合流后的南宗也只是“被称为”全真一系，实际上和全真教是没关系的，没有上下级关系。

除了南宗北宗，内丹派还有另外一种分法，就是少阳派和文始派。百度可以看到，少阳派是因为称传自东华紫府少阳帝君王玄甫，因而称少阳派，据称王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾，后开南宗、北宗、中派、东派、西派、青城派、崆峒派、三丰派等多种流派。而文始派一传少阳派，二传南华真人庄子，三传西华帝君王骀，王骀又传唐朝人张果老，四传麻衣道者，麻衣道者传陈抟，陈抟传火龙真君，火龙真君传张三丰。

还能找到一种说法是文始真人尹喜传陈抟，陈抟传麻衣，麻衣传火龙，火龙传张三丰。

内丹派有文始派为最高，以少阳派为最大的说法（不过按照我这个非道教人士来看多半是张三丰传人为了捧张三丰而编的）。张三丰既是少阳派也是文始派，丹法上是偏重于南宗或南宗北宗融合，既讲南宗的栽接之法也讲北宗的清净之法。被称为全真一系不过是因为元朝时的政治环境所致，而且因为历史原因，全真也成为了道士道教的代名词，不管是符箓派还是内丹派，只要是道士就可以称为全真。

也就是说，张三丰作为一个道士可以被称为全真，但是与作为道教一个门派的全真教无关，也就是说这个时期全真派是内丹派南宗北宗的统称，和王重阳建立的有明确的组织架构的全真教是两个概念，全真教是道教两大支派的全真派的一个重要部分，但是不等于整个全真派（这和武侠小说里的全真派是两码事，小说里全真派就是全真教）。

到了明朝之后，全真教进入了衰落，明朝的皇帝大多把属于符箓派的正一道捧得很高，而与此同时，符箓派的正一道也完成了统一符箓派的行为，在此之前的那些符箓派派系都汇入了正一道，张天师成为了明朝支持的道教首领，但是对于内丹派的张三丰还是高看一眼，曾经两次派四十三代天师张宇初寻访张三丰，自明朝始北宗基本没有什么值得记录的，我能找到的也就一个清初的王常月中兴全真龙门派，而南宗还能时不时的出几个人物写几本内丹著作。