乾隆主动抓住准噶尔内乱的战机，在二十年和二十四年对准噶尔，以及新疆的大小和卓之乱进行了彻底的清算，从而完成了父亲和祖父未竟之事业，收复了新疆。

乾隆二十七年，清政府从西安、东北、凉州等地区调拨了蒙古、满洲、索伦官兵前往新疆屯垦。因为“准疆数千里，土旷人稀，形势迥别”，伊犁将军仍感觉力量不足，于是上奏：“闻得，盛京驻兵共有一万六七千名，其中有锡伯兵四五千名，伊等未甚弃旧习，狩猎为生，技艺尚可。于此项锡伯兵内，拣其优良者一同派来，亦可与黑龙江兵匹敌。”

嘉庆二十八年到道光八年，新疆南部爆发了著名的张格尔之乱。锡伯官兵多次对其进行围追堵截，歼敌一千余人，为叛乱的平定立下了汗马功劳。

同治末年，中亚浩罕国政治流氓阿古柏占据南疆后，后又侵入北疆。此时沙俄打着“代收代守”的旗号，出兵强占了伊犁。沙俄要求伊犁锡伯营的一万六千余人宣誓效忠沙皇，遭到拒绝后，恼羞成怒的俄军立刻对锡伯军民实行了残酷的经济报复。

沙俄的残酷统治让锡伯军民生活苦不堪言，难得可贵的是锡伯营上下均宁死不领俄国救济粮。锡伯营总管喀尔莽阿则坚持教导属下：锡伯世受皇恩，决不能听从俄国人的领命。

喀尔莽阿到达塔城行营后，主动率领300锡伯士兵拓荒造田，囤积粮食，为左宗棠西征、清军收复伊犁提供了重要的物质保证，因此受到朝廷三次嘉奖。