汉武帝是帝王中的帝王，司马迁是史家中的史家，这两人在各自领域都独领风骚数千年。但由于为李陵投敌辩护，司马迁因此陷入生死危机，荀悦《前汉纪》中记载：
上（汉武帝）以迁欲沮贰（败坏）师（李广利）。为陵游说。后捕得匈奴生口。言陵教单于为兵法。上怒。乃族陵家。而下迁腐刑。
汉武帝以司马迁败坏“贰师将军”李广利名声，为李陵游说的理由，将司马迁定为诬罔罪名，按律当斩。按照汉朝法律，如果司马迁想要逃过这一劫，要么花钱，要么接受宫刑（阉割），于是没钱的司马迁只能接受宫刑。
对一个正直史官如此处理，也成为汉武帝的一个污点。然而，对于司马迁和汉武帝的恩怨，有学者却感慨：司马迁对汉武帝的记载有失偏颇，但汉武帝只对司马迁按律宫刑，没有动用皇帝手段除了他，展现出汉武帝的伟大胸怀；从历史眼光来看，汉武帝功大于过，司马迁欠汉武帝一个道歉！
鲁迅评价司马迁的《史记》是“史家之绝唱，无韵之离骚”，历朝历代的文人墨客赞之为史家楷模，比如西汉杨雄赞之为“太史迁，曰实录”，西晋华峤评价“迁文直而事核”等等。
从《史记》中的文字来看，司马迁的确践行着秉笔直书的实录历史的精神。《史记》中所记载的任何一件事，只要能调查了解，司马迁都做了详细核对，力求客观、全面表现一个历史人物或历史事件。
然而，司马迁在对汉武帝的记载上，却出现了严重问题。《史记》成书后，司马迁上呈汉武帝，刘彻读了《今上本纪》之后“怒而削之”（还有一种说法是司马迁死于汉武帝之前，所以并未完成对汉武帝的总结），因此如今我们所看到的《史记·孝武本纪》，只是后人截取《史记·封禅书》，并在开头补写六十字而成。
所以，想要研究汉武帝为何讨厌司马迁，首先要看一看司马迁在《史记·封禅书》中如何记载汉武帝的。
公元前110年，汉武帝泰山封禅，以彰显功绩，此后还有五次泰山封禅。对于汉武帝的泰山封禅，司马迁写了一篇《史记·封禅书》：只记载汉武帝巡行祭祀，一路建宫筑坛，大兴土木，耗费民脂，而且迷信（寻求长生不老，宠信很多方士）、滑稽、可耻，总之是大搞“鬼神之事”，几乎与暴君秦始皇差不多，尤其最后点评的一句：
太史公曰：余从巡祭天地诸神名山川而封禅焉。入寿宫侍祠神语，究观方士祠官之意，於是退而论次自古以来用事於鬼神者，具见其表里。後有君子，得以览焉。若至俎豆珪币之详，献酬之礼，则有司存。
总之，司马迁在这一篇文章中，对汉武帝进行了充分的揭露和嘲笑。至于汉武帝对外北击匈奴、对内消除封建割据的功绩，司马迁几乎是闭口不谈。其实，司马迁就是有选择的摘录材料，汉武帝功绩一面不说，尽找阴暗面报道。
其实，司马迁对汉武帝的态度，史记中还有很多线索，最典型的是这么三个。
（1）司马迁认为汉武帝是一个残暴之君，在《史记·酷吏列传》中可以看到，每次汉武帝提及某个酷吏时，往往会用“喜”来说明汉武帝的态度。且，在司马迁记载中，汉武帝时的酷吏还特别多，宁成、赵禹、张汤、王温舒、义纵等，这又说明汉武帝的残暴本性。
（2）司马迁反对汉武帝北击匈奴，认为汉武帝攻打匈奴，导致国家凋敝，民众生活疾苦，而由此非常不满。关于这一点，从《史记·平准书》中可以看到，司马迁非常怀念汉文帝和汉景帝时期的富庶。
（3）司马迁对汉武帝的用人讥讽多，汉武帝喜欢的卫青、霍去病等一代名将，司马迁不仅描述的比较少，而且对霍去病直接用“幸”来说明。但对不受汉武帝重用的人物，比如李广，则描述的比较多，也表达出了同情之意。
总而言之，如今看来汉武帝雄才大略，但在司马迁眼里，汉武帝祸国殃民，不是一个好皇帝。更为关键的是，司马迁还堂而皇之的将其写了出来，呈现给汉武帝阅览。
从以上司马迁对汉武帝的态度来看，汉武帝在李陵之事上，按律判处司马迁死刑（不是因为写史的打击报复），而且还是可以赎买的死刑，这是何等博大的胸怀才能做出这样的事情。换成被专家捧成千古一帝的康熙，估计司马迁早就死透了，早就被文字狱弄的“诛三族”。
有人指出，因为司马迁被处于宫刑，所以对汉武帝心有怨气，自然无法客观描述。其实，按司马迁的写史精神来看，应该不至于这么做，这么说是对司马迁人格的侮辱。
另外，司马迁写史记时（估计司马迁早有对汉武帝不满言辞），汉武帝前前后后也没有打击报复，除了李陵之事“按律处理”之外，其他时间里，司马迁并未受到生命威胁。如果汉武帝真的残暴，处理一个司马迁，应该没什么难度吧！
正因如此，所以有学者研究两人关系之后才感慨，汉武帝仅仅按律宫刑司马迁，从另一个侧面说明了汉武帝的胸怀宽广，而且晚年还有勇气承认错误，颁发“罪己诏”，这才是真正的千古一帝，这才是真正的伟大帝王。
洪迈《容斋随笔》里有《谤书》一篇，文中称：“司马迁作《史记》，于《封禅书》中述武帝神仙、鬼灶、方士之事甚备，故王允谓之谤书。”谤是公开指责，诽是背后议论。从司马迁对汉武帝的描述来看，“王允谓之谤书”或许没有错。
从历史长河来看，汉武帝功大于过，司马迁的确欠汉武帝一个道歉。面对司马迁如此“诋毁”，古今还有哪个雄才大略的皇帝能容忍到这种程度？
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