土耳其与希腊都是北大西洋公约组织成员国，而且同是在1952年加入的北约；但在北约国家中土耳其与希腊却是最不对付的一对冤家。土耳其与希腊之间存在的问题既有宗教上的分歧，也包括历史上的恩怨，其实还有地缘政治利益上的矛盾。

首先土耳其在宗教上与希腊截然不同，土耳其以伊斯兰教为国教，而希腊是以东正教为国教的。其次早在奥斯曼帝国时代土希两国就已经结下怨了，那时候现代土耳其国家的前身奥斯曼帝国曾经统治过希腊数百年，上世纪初第一次世界大战前夕，希腊联合巴尔干半岛数国联合打败了奥斯曼帝国，瓜分了帝国的不少土地。第一次世界大战结束后，希腊在英法等帝国主义国家的怂恿下入侵土耳其，土耳其军民在革命家凯末尔领导下击败了希腊军队，成功地维护了民族独立。

1923年凯末尔领导的土耳其政府与协约国签订了《洛桑条约》，有效地维护了土耳其国家的基本权益。但鉴于当时协约国集团势力依然强大的现实，土耳其不得不在一些方面做出了妥协让步，尤其是在爱琴海划界问题上土耳其吃了大亏，整个爱琴海2500个岛屿希腊占了2400个，其中不少岛屿距离土耳其领海基线非常近，几乎是逼到了土耳其家门口，目前爱琴海44%面积属于希腊领海，土耳其领海仅占总面积7%，其余部分为公海，这种地缘政治局面使土耳其想真正走向海洋成为海洋大国非常困难。如此不合理的领海划分成为了今天土希两国矛盾的焦点。

为了打破地缘政治格局上的不利局面，土耳其将目光对准了地中海上战略位置重要的塞浦路斯岛。1974年土耳其顶住美国的压力派军队攻占了塞浦路斯北部土耳其族人占多数的地区，迫使塞浦路斯岛的希腊族居民集中到了塞岛南部。随后土耳其在塞岛北部扶持建立起了“北塞浦路斯共和国”，不过没有得到国际社会的普遍承认，但土耳其却以“维和”为名在北塞浦路斯驻扎了不少军队，塞浦路斯利益之争成为了土希两国矛盾的另一焦点。由于近年来塞浦路斯岛附近海域发现了丰富的油气资源，这使土耳其加强了控制北塞浦路斯的决心。

2011年叙利亚战争爆发后，大批叙利亚难民为躲避战乱逃到土耳其，其中的一部分难民还以土耳其为跳板经希腊逃往其它欧洲国家，从土耳其过来的难民增加也在一定程度上加剧了土希矛盾，而且目前看来土希矛盾短期内根本不可能完全被解决，能够不激化就已经很不错了。