马里亚纳群岛陷落后，日本“绝对国防圈”已被冲破，海空军实力基本耗尽。此时日本海军主要军舰仅165艘，88万吨；而太平洋上美军却有791艘，352万吨。但日军大本营仍负隅顽抗，将精锐的关东军6个师团调往菲律宾，并调集海军全部主力，企图在菲律宾与美军决战，代号“捷1号”作战。

1944年8月，日军大本营将在菲律宾的第14军升格为第14方面军，将号称“马来之虎”的山下奉文大将调去担任司令官。同时，从关东军、中国派遣军和朝鲜军调遣精锐师团进驻菲律宾。除第16师团驻防莱特岛外，1944年7月，日军将关东军第8师团（原驻黑龙江绥阳）和第2坦克师团调往菲律宾吕宋岛。同年7月，将中国派遣军驻山西大同的第26师团派往吕宋岛，驻马尼拉附近（后前往莱特岛）。

此外，日军在菲律宾还先后组建了第30、100、102、103、105师团。至8月山下奉文接任时，在菲律宾的第14方面军已有9个师团、3个旅团，共计23万人。此外在吕宋岛还有第4航空军6万人，海军7.5万人，补充兵员3万人，合计约40万人。

但这还不是在菲律宾的日军全部。1944年9月22日，关东军第1师团（驻黑龙江北部的孙吴）调往菲律宾。11月，关东军第10、第23师团和朝鲜军第19师团也调往菲律宾（朝鲜军的第19师团也参加了“关东军特别大演习”，与第20师团一样，也被视为关东军部队）。第10师团就是1938年进攻台儿庄的部队；第19、第23师团是日军中仅有的曾与苏军作战的师团（第19师团在张鼓峰，第23师团在诺门坎）。

第19师团是驮马编制，2.8万人；第1、第10师团是摩托化编制，2.44万人；第23师团是日军中唯一的机械化师团，2.6万人。加上这4个关东军师团，以及其他特种部队，从东南亚返回本土途中滞留菲律宾的人员，日军正规军在菲律宾共57万人。连同动员的武装日侨，在菲律宾的日军总计达63万人，是日军在太平洋上最大的一个战略集团。

进攻菲律宾的美军，是麦克阿瑟指挥的西南太平洋部队，陆海军总计达50万人。登陆莱特岛的部队为第6集团军，下辖5个师，20万人。海军第3舰队主力是第38特混舰队，有17艘航空母舰、6艘战列舰、17艘巡洋舰和58艘驱逐舰；第7舰队有738艘舰艇，包括18艘护航航空母舰、6艘战列舰、11艘巡洋舰、86艘驱逐舰、25艘护航驱逐舰。10月20日，美军登陆莱特岛，在岛上的日军开始仅有第16师团共13778名官兵，根本无法抵挡美军的进攻，丢下13158具尸体，击毙师团长牧野四郎中将，仅620名幸存者逃向内陆。

联合舰队最高长官丰田副武认为：“假如我们丧失菲律宾，而舰队幸存下来，那么我们南北之间的海道就被割断了。假如舰队待在日本领海的话，那么它得不到燃料补给。假如它待在南海的话，那么它就得不到武器弹药的补给。因此假如我们失去菲律宾的话，那么保存这支舰队也没有意义了。”因此，日本海军倾其全力，出动64艘军舰（4艘航空母舰、9艘战列舰、20艘巡洋舰、31艘驱逐舰），从10月23至26日，以莱特岛为中心与美军第3、第7舰队进行了长达4天的激战。

莱特大海战，是世界上最大的一次海战，战场以莱特岛为中心南北达1000多海里，东西500多海里，双方投入航空母舰39艘、战列舰21艘，巡洋舰47艘，仅驱逐舰以上的大型军舰就有300多艘，舰载和岸基飞机2000多架。日军被击沉航空母舰4艘，战列舰3艘（含7万吨级的超级战列舰“武藏”号），巡洋舰9艘，驱逐舰9艘，计30.6万吨；美军损失航空母舰3艘，驱逐舰3艘，计3.7万吨，不及日军损失1/8。

莱特湾海战是太平洋战争中最后一次大海战，也是历史上最大的一次海战。这场海战消灭了日本的海军力量，除了陆上基地的飞机外，日本海军几乎已不复存在，美军取得了绝对的制海权。小泽治三郎在战后受审时说：“在这一战之后，日本的海面兵力就变成了绝对性的辅助部队，除了某些特种性质的船只以外，对于海面军舰已经是再无用场可派了。”