早在织田信长于本能寺之变中遇害前，信长本人便萌生过在统一日本后对明朝发动进攻的野心，而实现这一野心的第一步便是将朝鲜纳为自己的属国，以此为跳板进攻中国大陆。丰臣秀吉确立了自己在日本的统治权后也继承了这一野心，同时他也希望能够打破明朝在对外贸易上的封闭政策。这就促使着秀吉在1587年调遣大军击败岛津家后将包括加藤清正和小西行长在内的一批亲信将领分封到九州，为出兵海外进行准备。日本的军队自大和政权在公元7世纪派兵支援朝鲜西南部的百济国抗击唐朝进攻以来，除倭寇海盗外再没有迈出国门，而其上一次与外国发生大规模战争还要追溯到公元13世纪的元军来袭时期。

对于朝鲜问题，秀吉事实上并不想要战争，而是希望能够在外交方面达成和解。但和解的基础却必须是他自己想要的条件，即朝鲜无条件成为日本的属国，并支援日军从朝鲜进入中国的计划。在蒲生氏乡刚刚平定陆奥和出羽的农民起义后，秀吉便命令诸大名做好渡海出兵的准备，而他自己也在九州北部建造了名护屋城作为大本营。

虽然丰臣秀吉做好了以武力侵攻朝鲜的准备，但他的最终目标却是大明国，丰臣秀吉对此战信心满满，他素有“入唐”的想法并且一直不承认大明在东亚地区绝对的统治地位，所以在丰臣秀吉的计划里，入侵朝鲜只是第一步，在征服整个朝鲜半岛后便以此为跳板进一步入侵明朝，最后到达天竺这种不切实际，十分可笑的蓝图。而夹在中日之间的朝鲜历来便是中国的藩属国，其国王接受明朝中央政府的册封且拥有统治地位，所以作为大明在半岛的“代理人”，朝鲜国王对于大明的忠诚度自然毋庸置疑。

在平定九州后，秀吉命令刚刚臣服的对马大名宗义调作为中间人要求朝鲜向自己纳贡。1588年，宗义调命令自己的嫡子义智，僧人景辙玄苏以及博多豪商岛井宗室前往朝鲜。不过由于朝鲜历来与对马的宗室关系紧张，交涉迟迟没有结果。直到夹在秀吉与朝鲜中间的宗义调终因过于焦虑苦闷而亡，暂时回国的义智继承父位后的1590年3月，朝鲜才终于派通信使前往日本。

这支超过300人的使节团虽然于7月便达到京都，秀吉却一直到11月才接见他们，朝鲜使节在觐见秀吉后也只对他统一日本表示了祝贺，而没有在入明的问题上给予任何答复。丰臣秀吉在会上书信一封要求“假道伐明”，向朝鲜国王要求借道攻打明国，这样无理的请求朝鲜方面自然不可能同意，关键在于对这封书信的解读在朝鲜王庭之上爆发了一场争论，李氏朝鲜王庭中当时党争非常严重，“凡西人党所是，东人党必非之。”本次通信使的正使黄允吉为西人党，他认为这封书信是秀吉即将入侵朝鲜的具体表现，而东人党出身的副使金诚一则认为，秀吉只不过是井底之蛙，小人得志而已，所谓“入朝入唐”的想法不过是虚张声势，不必理会。双方就此在朝堂之上大吵一架。至于如何应对日本方面可能的入侵，没人关心这个问题。

此后一年，秀吉依旧在进行外交努力，但最终仍然无法获得自己想得到的结果，朝鲜甚至向明朝纳贡成为后者属国以寻求军事保护，日本历史上第一次对亚洲大陆的侵略已经无法避免。而这一巨大的行动，也必将耗尽丰臣政权的鲜血。

为控制日本国内的水面作战力量，丰臣秀吉在天正16年(1588)颁布了《海贼停止令》。海贼停止一切在日本国内以及附近海域的掠夺行为，将海贼中战斗力低下的半渔民半海贼就地解散，把专业的水战人员收编入丰臣家臣团。其次，丰臣秀吉下令将全国船只统一管理，尤其是用于中远距离作战的大型船只，同时大量收编“倭寇”部队，将其用于接下来更大规模的跨海进攻作战之中。所以，在丰臣秀吉的指示下，16世纪中后期日本拥有了史无前例的强大倭寇集团，而负责担任侵朝作战海面作战的水军指挥官，则由胁坂安治、加藤嘉明和九鬼嘉隆三人组成。九鬼嘉隆本身就是出生于志摩国的海贼。胁坂安治在天正13年(1585)受封淡路国洲本藩，成为洲本城城主。加藤嘉明也在天正14年(1586)受封淡路国志知城。而淡路国在战国时期一直以来都是日本海贼活动的中心地区之一，比如制造安宅船的安宅冬康，其率领的海贼众，就是日后的淡路水军。

以上这些足以表明，丰臣秀吉入侵朝鲜已经势在必行，而且日本军所谓的水军部队不过就是由一帮战国时期充当打家劫舍的海贼临时拼凑起来的乌合之众罢了。这些各家组成的海贼统一编入丰臣秀吉直接控制的“水军”之中。

除此之外，还有沿海大名收编的水军部队，在第一次文禄·庆长之役中，最初的日本水军编制为九鬼嘉隆1500人，藤堂高虎2000人，胁坂安治1500人，加藤嘉明750人，来岛通总/来岛通之700人，菅达长250人，桑山一晴1000人，掘内氏善850人，杉若氏宗650人，总计9200人。这些人当中有海贼，有忠于丰臣政权的大名，也有丰臣秀吉的直属家臣团。他们拥有共同的任务：与朝鲜水军争夺制海权，保证日本列岛和朝鲜半岛之间日军正常的物资运输和其他作战任务。

1592年1月5日，丰臣秀吉正式对全国所有大名下达战争动员令，其动员的兵力达到了空前的30万人。3月13日，各地区大名集合完毕，丰臣秀吉许诺战争胜利后将把明朝和朝鲜的土地按照战功分配给各大名。

按照秀吉的计划，在进攻朝鲜时将使用日本西部大名手中约16万兵力，与此同时东国部队将集中在名护屋附近，占领朝鲜全境后再渡过对马海峡投入对明朝的战争中。在此过程中，由于诸大名的部队人数相差极大，从最小的数百人到数量最多的毛利军3万人，难以在海外协调作战。为此秀吉首次把16万西国大名的部队分别编为9个军团。其人数在1万至3万之间，每个军均可单独进行一战区的战斗，而且由于各军均拥有数量庞大的仆役人员，因此也可以算是拥有了自己的独立后勤支援部队。

但致命的是，这支大军却没有一位最高前线指挥官，各军首脑事实上也根本没有像秀吉那样统领超过一个军兵力的能力。在当时的日本，拥有这种指挥能力的将领仅剩下丰臣秀吉和德川家康两人，前者由于无法在国内找到合适的代理人而无法前往战场，后者也因为秀吉担心其在战场上获得过大声望和战功而不敢将他送去朝鲜。但这已经不再重要，因为以丰臣秀吉手中的庞大兵力，一场大战不可避免。很快，第一批入朝作战约80000日军的部队先行出发，浩浩荡荡渡过了对马海峡，而他们并不知道，等待着他们的将是何等悲惨的结局。