后来，朱以海在浙江舟山立足，但在顺治八年八月，清朝总督陈锦等率兵攻打舟山，仅仅一个月舟山就沦陷。无奈朱以海逃到厦门依靠郑成功，因朱以海是明朝宗室，郑成功还是以礼相待，安排他居住于金门。康熙元年（1662年）十一月，朱以海在金门病逝，结束了他坎坷的一生。史料记载鲁王朱以海被郑成功推进大海，但是从墓室石碑记载得知，清朝史料记载是错误的，是清廷污蔑郑成功的，清朝篡改了明史记载。