清军收复新疆之战又普遍被称为“左宗棠收复新疆”，可见左宗棠对于此次战争的重要性，以一己之力挽狂澜于既倒，保住了166万平方公里的新疆土地。
左宗棠收复新疆可谓一波三折，在朝堂之上首先就遭到了李鸿章等人的压力。
“海防”“塞防”之争
1870年代，沙俄从西北强占新疆伊犁，扶持阿古柏势力侵占新疆喀什等地；日本从东南入侵台湾。
在双重压力下，清廷内部爆发“海防”“塞防”之争。李鸿章等认为两者很难兼顾，主张放弃塞防，将塞防饷银匀作海防之饷。左宗棠力排众议，明确指出西北“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”，尤其招致英、俄渗透，新疆之地将不保。
清政府在权衡利弊后，最终支持了左宗棠的主张。左宗棠面对外国的侵略，坚持抗争到底，决不妥协，与李鸿章的政治抱负立判高下，也加深了两人关系的恶化。
抬棺出征，以死明志
1865年，阿古柏强占喀什噶尔新城，又攻占英吉沙尔。同年，一支7000人的浩罕败兵投奔阿古柏，进一步加强了阿古柏的军事力量，增加了清军收复新疆的难度。
1870年，阿古柏又侵入北疆，侵占了乌鲁木齐和吐鲁番等地。至此，南疆全部和北疆的部分地区都被阿古柏侵占。
左宗棠在赢得海防和塞防之争后，被任命为西征统帅，这是清廷为收复新疆作出的正确决策。
左宗棠根据当时的形势，制订了缓进急战、先北后南的战略方针，同时筹集军饷、采运军粮、整顿军队、改善装备，做收复新疆的战前准备。
1876年4月7日，左宗棠从兰州移营肃州，誓师西征，准备发起进攻。出征前，左宗棠连自己的棺材都抬上战场去了，要么成功收复新疆，活着回来；要么战死沙场，马革裹尸，就算死也要死在新疆，极大地鼓舞了清军的斗志。
缺钱缺粮，向列强高利息贷款
当时，清朝刚平息太平军，历经第二次鸦片战争，国库亏空，财政吃紧，无法筹措足够的军饷，不足的只能由左宗棠自行解决。
左宗棠为了收复国土，被迫独自承揽下压力。一方面为加强战力、节饷减粮，左宗棠强调”兵贵精实“，对西征军进行了裁减。
左宗棠一口气裁撤马步40营后，又裁奇、捷等营马步勇夫1千多人。他还将一部分“弱不能战”的兵勇转为农垦劳力，将军队分兵农为二。
另一方面，左宗棠想到了借钱，只有钱到位了，这仗才能打。左宗棠非常高明，专门找高利息的西方列强的银行借钱。西方国家的银行看到有利可图，自然站到了左宗棠这边，减少了对阿古柏政权的支持。
左宗棠这招反其道而行之的妙招，真可谓一箭双雕。
血战新疆，保我华夏免遭侵占
左宗棠所率清军总兵力有80余营，约六七万人。清军采取先北后南的方针，首先收复南北疆的交通要冲乌鲁木齐，命刘锦棠率湘军25营主攻乌鲁木齐。
阿古柏总兵力多达5万人，其中骑兵约占三分之一。步兵的武器是火枪，阿古柏军队从英属印度和奥斯曼帝国获得了1万多支恩菲尔德M1853前装线膛枪和斯奈得－恩菲尔德M1866后装线膛枪，装备远胜过清军。
左宗棠慧眼识珠，选拔湘军统帅刘锦棠、张曜为前敌指挥官。正是这两位爱国将领的指挥，清军一路猛攻猛打，最后在新疆各族人民的支持下击败敌军，收复南北疆全境。而刘锦棠也因为卓越的指挥能力成为了新疆建省后的第一任新疆巡抚。
左宗棠的战略大方针也非常到位，清军首战选择收复乌鲁木齐东郊的古牧地地区，随后以古牧地地区为原点，清军兵分两路向北疆西部地区与南疆快速前进。阿古柏的兵力被分割成两块，无法相顾，只能分兵设防，被动挨打。左宗棠的用兵堪称为完美！
1878年1月2日，清军收复和阗。至此，清军收复新疆之战宣告结束。
武力震慑沙俄，收复伊犁
1871年，俄军悍然侵占伊犁后，除扶持阿古柏势力外，自身也对新疆虎视眈眈。沙皇政府软硬兼施，迫使清政府外交大臣崇厚签订了屈辱的《里瓦几亚条约》，根据此条约，中国将丧失大片领土。
左宗棠对此极为愤慨，痛斥崇厚的卖国行径，指出《崇约》未经清廷批准，对中国不生效力，可以推翻。
清政府迫于舆论压力，拒绝批准《崇约》，并改派曾纪泽前往圣彼得堡重新谈判，同时命左宗棠统筹兵事，以武力为谈判做后盾。
1880年4月，左宗棠开始部署军队，以刘锦棠步骑万人出乌什，张曜所部七千人从阿克苏分两路直取伊犁，金顺所部万余人扼守晶河，备俄军东犯乌鲁木齐。自己以六十九岁的高龄，带病的身躯，冒着盛夏的酷热舆榇出关，誓与沙俄决一死战。
当时，沙俄刚刚结束了俄土战争，财政已经涸竭，迫于左宗棠全面战争的决心，沙俄不得不从原来的立场上后退一步。沙俄把业已吞下去的领土又吐出来，这在当时的沙俄历史上是从没有发生过的事情。
左宗棠的远见很快得到了见证，沙俄从俄土战争中恢复过来后，很快就将几个中亚国家吞并了。
如果不是左宗棠的坚持，新疆很可能会成为俄国人的腹中餐。
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