蒙古人的两次入侵，没能打败日本，使得这个国家的外部依旧安全，但内部却不再安全了。京都朝廷在天皇皇权继承的问题上出现了分歧。天皇的嫡长子和天皇最宠爱的儿子矛盾重重，最终的解决方案是由长子及其后代（持明院统）与宠子及其后代（大觉寺统）轮流执掌皇权，但这个决定从一开始就注定了日后的动乱。

即便双方轮流执政，但一山不容二虎，两个皇室家族变得越来越仇视对方。大觉寺统信奉儒家思想，而持明院统则是信奉佛教。大觉寺统崇尚中国式学术研究，而持明院统则推崇日本传统文字的日本文学。

与此同时，镰仓幕府的执政者北条时宗在击退蒙古人之后变得越来越独裁，将政府职位送给自己的朋友与盟友，对所有忠诚于他的人都分封土地，让越来越多的北条氏成员成为守护，从而控制远离京都和镰仓的诸国。

北条时宗的专制统治让不法行为极速增加，强盗肆虐，海盗也出没于各个港口和海岸。面对这些问题，北条氏采取更强硬的武力和更严厉的惩罚来应对，派更多的武士去帮助各个守护，专门负责追捕不法之徒。陆地上和海上的抢劫犯罪由流放改为死罪。收获前偷窃庄稼，由民事案件改成犯罪。

但这种做法并没有解决大问题，反而让动乱愈演愈烈。海盗向西流窜，在中国与高丽的沿海地区洗劫船队，实施盗窃和绑架。就这样，他们的人数越来越多。偏远的地区在报告中控诉强盗夜袭、路边谋杀、村庄纵火、偷盗庄稼，甚至有的和尚出于恐惧而逃离，寺庙也关门了。

公元1318年，花园天皇退位。他是持明院统的后代，他的堂兄后醍醐属于大觉寺统，因此被加冕为天皇。但他的继位有着附带条件，花园天皇退位的前两年，家族之间的争执已经日益激烈。后醍醐显然排在首位，但大觉寺统更青睐他的侄子邦良亲王。根据轮流继承的原则，在后醍醐之后，皇权必须交给另一派，这意味着邦良亲王彻底出局。

为了防止京都彻底崩溃，镰仓幕府下令妥协。后醍醐将出任天皇，但他的儿子没有继承资格。邦良亲王被立为皇太子，之后皇权将回归持明院统。同时，为了让更多候选人有机会登基，所有天皇必须在继位10年后退位。

后醍醐天皇即位时只有30岁。他被迫承诺将来退位和不将皇位传给自己的儿子，为此，他开始密谋推翻镰仓幕府。

他首先做的就是得到更多的权力。他的父亲后宇多是太上法皇，理论上比现任天皇拥有更大的影响力。但后宇多法皇对权力并不感兴趣，更多地时间都是痴迷佛教。后醍醐利用他父亲的天生喜好，在他统治的第四年，劝服后宇多法皇放弃太上法皇的传统立法权并将其交给天皇。

在接下来的几年，后醍醐直接统治。对手家族容忍这种怪象，是因为他明确表示接受执权的统治并在10年后退位。但在1326年，指定的皇储邦良亲王突然患病，并在两周内身亡。后醍醐认为，之前的安排已明确指定大觉寺统成员作为继任者，他的儿子现在应该成为王储。而持明院统主张，皇位继承权应该立即回归持明院统。两派的争吵无休无止，因为没有明确的接班人，后醍醐在10年期满后仍然留在宝座上。

这一次，镰仓幕府干预缓慢。1316年，年青的北条高时被任命为执权，年仅13岁。他的内管领和富有能力的祖母处理了之前的继承危机，现在高时已经独揽大权，却很难专注于国家大事。

到了1331年，持明院统发现，后醍醐天皇继续把持皇位的意图异常明显。持明院统成员向镰仓幕府递交了一份紧急而又明确的报告：“君主的反叛密谋最为危险。幕府应尽快行动，以免国家陷入混乱。”在谋臣的建议下，北条高时向京都派出了军队。作为回击，后醍醐呼吁公开反叛腐败和堕落的幕府执权。

武士们纷纷加入这场新的战争。有人支持天皇，有人支持北条执权，有人为了私利。足利尊氏是这些武士里面最为臭名昭著的一个。在战争中，他像墙头草一样在这三种角色间转换。足利家族是曾经叱咤风云的源氏家族的一个分支，来自东北部的下野国。由于天高地远，他们对幕府将军和天皇都没有强烈的忠诚感。在战争开始后的前6个月，足利尊氏加入了幕府，迅速成为胜利的一方。镰仓军把后醍醐和他的武士赶到京都附近的笠置山上，包围起来。后醍醐在仓促间被迫投降。他被带回京都，安置在宫殿后面的一个窝棚里面。在那里，他无奈地见证了持明院统皇子登基的盛况。之后，他被流放到荒凉的隐歧岛。他在这里的临时住房中住了两年。新任光严天皇在京都发号施令，北条高时继续在镰仓沉迷于斗狗。

但光严天皇被普遍认为是个傀儡，他甚至没有正式加冕，因为后醍醐拒绝把皇权权杖和三神器交给对手。在隐歧岛，后醍醐悄悄组织了一支支持者队伍，由武士、渔民和海盗组成。他们希望摆脱北条高时的统治。1333年初，一小群海盗和渔民帮助后醍醐从岛上逃脱。他在伯耆国大坂港登陆。一支军队已经在那里集合，等待他的号令。

得知这一消息后，北条高时立刻从镰仓派出自己的军队，由足利尊氏和另一位指挥官新田义贞指挥。新田义贞也是源氏后代。但足利尊氏认为执权对他忠诚的奖励不够，开始考虑改变效忠对象。前年他就一直秘密地跟后醍醐保持书信联系。离开镰仓之后，他马上倒戈。新田义贞和大部分士兵追随他。这些人双管齐下，进攻北条势力。足利尊氏带兵攻下京都，驱逐了那里的北条氏官员，而新田义贞带领剩下的士兵直接进攻镰仓。

两次袭击均获得成功。光严天皇和京都守护一起逃往东部，但很快被追上。守护被当场杀死，光严天皇则被带回京都囚禁起来。新田义贞和手下在镰仓跟北条支持者交战5天。北条氏的将军和官员节节败退。面对几成定局的失败，他们开始陆续自杀。1333年5月22日，在300名支持者的追随下，北条高时退到东胜寺。在他祖先的埋葬地带着手下自杀。

后醍醐天皇回到京都，宣称他从未真正退位，同时完全忽略光严天皇短暂的皇权。接下来的3年被称为建武新政。他试图夺回对国家的直接统治，假装流亡事件从来没有发生过。但足利尊氏也在觊觎空缺的执权职位。他占据了京都空闲的幕府府衙，并像北条氏执权那样，在那里任命守护。1335年，他搬到镰仓，开始分封土地。他依然没有宣布自己担任执权还是幕府将军。但后醍醐本来就打算摆脱幕府的控制，而不是简单地换一个当权者。足利尊氏在京都时，他们没有产生直接冲突。现在，他曾经的盟友来到了镰仓，天皇宣布他是“皇权的敌人”。战火再次燃起。

后醍醐和残存的拥护者逃往南方山区，在那里建立一个新的帝国首都，吉野。足利尊氏宣布京都归自己所有，并在室町地区成立了幕府。他没有试图宣称自己为天皇。帝国统治权力与皇室血统密不可分。相反，他宣布，光严的弟弟丰仁成为新天皇，即光明天皇。

1338年，足利尊氏终于完全控制了京都，并就任征夷大将军。现在，跟过去的由幕府将军和执权掌控的镰仓与帝国首都京都并立不同，日本有两个帝国首都、两个天皇、两个朝廷、一位将军，但没有执权。镰仓幕府垮台，足利幕府开始执政。

南朝还在坚持。1339年，后醍醐在吉野逝世，享年50岁，他儿子继续在山上顽强抵抗。足利幕府的开始也是南北朝时代的开始。“南朝和北朝”并存，王朝分裂将持续近60年。大觉寺统和持明院统之间由不断的争吵变为彻底闹翻。大觉寺统统治着南方，持明院统统治着北方。